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- PDB-8i1b: A COMPARISON OF THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HUMAN AND MURIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i1b
タイトルA COMPARISON OF THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF HUMAN AND MURINE INTERLEUKIN-1B
要素INTERLEUKIN-1 BETA
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


CLEC7A/inflammasome pathway / Pyroptosis / Interleukin-1 processing / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...CLEC7A/inflammasome pathway / Pyroptosis / Interleukin-1 processing / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / Interleukin-1 signaling / positive regulation of complement activation / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin secretion / regulation of defense response to virus by host / fever generation / positive regulation of fever generation / regulation of establishment of endothelial barrier / response to carbohydrate / negative regulation of synaptic transmission / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / interleukin-1-mediated signaling pathway / leukocyte migration / response to ATP / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of cell division / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of insulin secretion / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / secretory granule / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / response to lipopolysaccharide / vesicle / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ohlendorf, D.H. / Weber, P.C. / Salemme, F.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A Comparison of the High Resolution Structures of Human and Murine Interleukin-1B
著者: Ohlendorf, D.H. / Treharne, A.C. / Weber, P.C. / Wendoloski, J.J. / Salemme, F.R.
履歴
登録1991年1月29日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE ARRANGEMENT OF THE STRANDS IN IL-1 MAKES A SHEET DESIGNATION MEANINGLESS. THE 12 STRANDS ...SHEET THE ARRANGEMENT OF THE STRANDS IN IL-1 MAKES A SHEET DESIGNATION MEANINGLESS. THE 12 STRANDS HAVE BEEN PRESENTED AS 12 SHEETS OF ONE STRAND EACH ON THE SHEET RECORDS BELOW. THE FIRST GROUP OF FOUR STRANDS ARE PART OF MOTIF A. THE SECOND GROUP OF FOUR STRANDS ARE PART OF MOTIF B. THE THIRD GROUP OF FOUR STRANDS ARE PART OF MOTIF C.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4161
ポリマ－17,4161
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.710, 55.710, 79.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Atom site foot note1: PRO 91 IS A CIS PROLINE.
2: SOLVENT MOLECULES 201, 202 AND 204 COORDINATE THE INTERSECTIONS OF THREE BETA STRANDS.
3: GLN 14, ILE 36, LYS 93 AND VAL 110 SIDECHAINS HAVE BEEN MODELED IN TWO ALTERNATE CONFORMATIONS OF EQUAL OCCUPANCY.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.45441, -0.68838, 0.56537), (0.22777, 0.52379, 0.82083), (-0.86118, 0.50177, -0.08123)29.252, 7.638, -1.706
2given(-0.45441, 0.22777, -0.86118), (-0.68838, 0.52379, 0.50177), (0.56537, 0.82083, -0.08213)10.083, 16.992, -22.946

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA


分子量: 17415.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P10749
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MOLECULE CAN BE DIVIDED INTO THREE SIMILAR MOTIFS, (RESIDUES 1 - 55, RESIDUES 56 - 107, AND ...THE MOLECULE CAN BE DIVIDED INTO THREE SIMILAR MOTIFS, (RESIDUES 1 - 55, RESIDUES 56 - 107, AND RESIDUES 108 - 153). THESE MOTIFS ARE RELATED BY A LOCAL THREE-FOLD AXIS. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN MTRIX 1 PRODUCES MOTIFS BCA FROM MOTIFS ABC. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN MTRIX 2 PRODUCES MOTIFS CAB FROM MOTIFS ABC.
非ポリマーの詳細SOLVENT MOLECULES 201, 202 AND 204 COORDINATE THE INTERSECTIONS OF THREE BETA STRANDS.
配列の詳細RESIDUES HAVE BEEN NUMBERED TO AGREE WITH HUMAN IL-1BETA. THIS MEANS THERE IS NO RESIDUE 140.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→5 Å /
Rfactor反射数
obs0.159 6771
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 0 86 1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0471
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9172
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5211.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5513
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.260.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2170.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2530.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.220.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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