PDB-8hyk: CD-NTase EfCdnE in complex with intermediate pppU[2'-5']p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hyk

タイトル

CD-NTase EfCdnE in complex with intermediate pppU[2'-5']p

要素

EfCdnE

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide

機能・相同性

Chem-NE0

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis EnGen0062 (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.021 Å

データ登録者

Ko, T.-P. / Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases.
著者: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hyk.cif.gz	86.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hyk.ent.gz	59.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hyk_validation.pdf.gz	795.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hyk_full_validation.pdf.gz	794.7 KB	表示
XML形式データ	8hyk_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	8hyk_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x4aC 7x4cC 7x4fC 7x4gC 7x4pC 7x4qC 7x4tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EfCdnE

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.418, 56.940, 64.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.019, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	EfCdnE 分子量: 35751.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis EnGen0062 (乳酸球菌) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NE0 / [[(2R,3R,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate 分子量: 564.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₂O₁₈P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium tartrate, PEG 3350, MgCl2, UTP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→30 Å / Num. obs: 19291 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.162 / Num. unique obs: 1849 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.021→28.486 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.748 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2102	971	5.038 %
R_work	0.1651	18303	-
all	0.167	-	-
obs	-	19274	97.59 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.013 Å²	-0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.074 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.077 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.021→28.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2513	0	34	187	2734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.663	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.363	1.582	5285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.72	5	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.833	24.15	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.282	15	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.336	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.162	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.107	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.383	2.678	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.383	2.677	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.441	4.003	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.44	4.004	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.827	2.935	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.831	2.934	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.309	4.298	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.324	4.293	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.614	31.162	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.578	30.926	3009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.021-2.074	0.239	70	0.163	1269	X-RAY DIFFRACTION	92.0275
2.074-2.13	0.296	79	0.175	1291	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.13-2.192	0.265	62	0.176	1327	X-RAY DIFFRACTION	98.7909
2.192-2.259	0.22	57	0.166	1232	X-RAY DIFFRACTION	98.9256
2.259-2.332	0.197	59	0.145	1227	X-RAY DIFFRACTION	98.9231
2.332-2.414	0.226	54	0.162	1183	X-RAY DIFFRACTION	99.0392
2.414-2.504	0.198	46	0.162	1127	X-RAY DIFFRACTION	98.7374
2.504-2.606	0.254	68	0.176	1106	X-RAY DIFFRACTION	98.9048
2.606-2.721	0.22	60	0.184	1032	X-RAY DIFFRACTION	98.645
2.721-2.852	0.218	45	0.166	1010	X-RAY DIFFRACTION	98.9681
2.852-3.005	0.245	50	0.172	956	X-RAY DIFFRACTION	99.0157
3.005-3.185	0.213	60	0.167	910	X-RAY DIFFRACTION	98.9796
3.185-3.402	0.202	45	0.171	835	X-RAY DIFFRACTION	98.324
3.402-3.671	0.206	44	0.169	795	X-RAY DIFFRACTION	98.7059
3.671-4.015	0.163	36	0.16	697	X-RAY DIFFRACTION	94.4588
4.015-4.479	0.144	36	0.143	649	X-RAY DIFFRACTION	96.3432
4.479-5.153	0.165	38	0.144	555	X-RAY DIFFRACTION	92.8012
5.153-6.265	0.258	19	0.191	484	X-RAY DIFFRACTION	93.8433
6.265-8.674	0.214	28	0.164	374	X-RAY DIFFRACTION	94.8113
8.674-28.486	0.218	15	0.164	244	X-RAY DIFFRACTION	97.3684

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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