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万見
- PDB-7x4f: Native CD-NTase LpCdnE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x4f
タイトルNative CD-NTase LpCdnE
要素Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
キーワードTRANSFERASE / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase CdnE
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Chen, Y. / Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Hou, M.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases.
著者: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6348
ポリマ－34,9611
非ポリマー6727
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.507, 60.507, 100.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase / Cyclic CMP-UMP synthase / c-di-UMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase057


分子量: 34961.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: cdnE02
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0DSP3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: MgCl2, Tris, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 14892 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1507 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.378 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X4A

7x4a


解像度: 2.46→28.97 Å / SU ML: 0.2436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.8948
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 689 4.76 %
Rwork0.1913 13777 -
obs0.1928 14466 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→28.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 35 197 2594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48323308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2076892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.640.28791550.24742478X-RAY DIFFRACTION87.83
2.64-2.910.28861330.24142854X-RAY DIFFRACTION98.68
2.91-3.330.27371200.22392846X-RAY DIFFRACTION99.7
3.33-4.190.20611540.18062750X-RAY DIFFRACTION95.84
4.2-28.970.17111270.15382849X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.615987564777-0.7646052946490.07280411639751.259912458410.02075505526930.8436512261380.1640593063010.3075935798080.254211978833-0.18098433277-0.0872964698889-0.150984239786-0.31401076817-0.26023199468-0.1107129587490.4776589396490.0732445203520.04257617939190.2864672446690.03379626482390.404208170103-4.6234620385831.9173177507-1.23741596555
21.586203822820.5152963018551.902824241420.5058096666930.02461961529473.308295016740.112655657101-0.4113967723760.4248978710380.2001196549090.1299007129870.0474151530506-0.193531679218-1.08591275216-0.2433049292580.426107502962-0.0002302426182230.05432919068830.5475244618040.07730246739530.383840044751-18.85116964321.767435425222.9496168925
31.256690210330.3626022980260.4091842921151.26571940044-0.6322931531091.135982642090.0854278988268-0.02371468069220.0405584157118-0.08328166747510.06821069099440.2076512153090.0103761599589-0.533011912289-0.1202549868730.3467566357180.06124268461370.03497925756250.359706390513-0.0001811373754640.319133171642-16.181301801527.97454229014.50938805596
42.50747237356-0.720310864906-1.538200606712.188826169850.9699338837442.67812260230.0466423173852-0.07321953366390.04311766196610.07895571628020.053397439369-0.08713007179760.1436939818790.184560369319-0.08801288727090.2956742442480.0373175035762-0.0001245392276160.2017666800260.01611959244710.2632797167377.287656043115.3986233081-2.00912822356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 79 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 80 through 99 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 297 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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