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- PDB-7x4p: CD-NTase EfCdnE in complex with intermediate pppUpU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x4p
タイトルCD-NTase EfCdnE in complex with intermediate pppUpU
要素EfCdnE
キーワードTRANSFERASE / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide / intermediate complex
機能・相同性Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, Y. / Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Hou, M.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases.
著者: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EfCdnE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5844
ポリマ－35,7511
非ポリマー8333
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.332, 56.777, 64.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.242, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 EfCdnE


分子量: 35751.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI Reference Sequence: WP_010707292.1 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#3: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: sodium tartrate, PEG 3350, MgCl2, UTP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 38096 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 11.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 18.9 / Num. unique obs: 3716 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.04 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X4C

7x4c


解像度: 1.6→27.96 Å / SU ML: 0.1461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.8663
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1884 1908 5.01 %
Rwork0.1487 55515 -
obs0.1507 38076 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2514 0 50 509 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00932658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05943612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.661964
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1964 86 -
Rwork0.1616 1640 -
obs--46.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.304547422543-0.141453394180.03965288673220.519885624995-0.2815408211910.164683342804-0.0217576075403-0.195677605975-0.22434263930.04977736555830.2731375780160.427056454790.0284041322054-0.2032859905720.2139011480160.06330694943290.01175489464480.02711096616960.1205868879140.03088954102840.153851424749-18.4007775818-2.2842907726815.8769899109
2-0.142834575490.1482339149330.2897121756410.1487953570910.0840796070950.491910279383-0.0590883889919-0.06327861173970.02280495907150.009750287750710.02436894948960.107660602463-0.02164569198290.0462310804670.05526511818620.0915501780382-0.004746727021310.006811594792850.11760658662-0.02014414551640.0745253131635-0.58989699264311.929435054130.7932475807
30.4362375604170.02183567829-0.6379346175310.3703804501960.1281527258640.805687162744-0.0972683987941-0.241404718819-0.08944448468510.1298670659180.0535604733356-0.163705497468-0.06588070031610.6678174258640.007760879620780.112409787154-0.0745922113043-0.02757184811220.200852460492-0.03700079570270.106260286914.315093896916.626527628430.9515924017
40.3481728975490.0868976785339-0.4606250284560.9283523961820.3907276984431.321147704960.11099937368-0.1670395171930.03372710386990.034521642744-0.1115637517180.09620171507270.0904464871170.4696838129010.178639942010.07240834642360.00611287093152-0.008775332145120.108932918186-0.001384085598370.0522564320516.9947254290410.681982812226.4539709746
50.0889429530390.02924278654510.04002101206120.00447158381206-0.01753520748120.257193631288-0.0728136192314-0.04899435786210.0144577828439-0.07416086089530.07213278564590.13574593871-0.3466675765840.02949406443670.02859173850340.09850198528710.0089721351864-0.03029866622610.0546998205621-0.01297355773790.102559509687-7.3950670667114.212365079111.6766256446
60.418154579530.270160875477-0.2788489075380.2445109667170.05838328969340.37555562779-0.031664473918-0.0090084279265-0.0327655161015-0.00107143705892-0.0155787433104-0.04311124733530.0222707405955-0.0138723028823-0.0002676645778640.0512174686151-0.000486249439191-0.000557447050860.0319707115873-0.0006940162365240.0592556132488-4.775522545960.3211412735675.72114152952
70.155603277999-0.131737526026-0.06318185099620.355110309292-0.2583818156460.3340979790690.088822610647-0.119403863682-0.05549397246680.0962869584089-0.0666004063069-0.1035309443250.0320563798055-0.0461746412161-0.04315402194030.0489354120317-0.001087960888170.00279567310820.0621633440361-0.002057388594390.0760195744864-2.72968048796-8.069728070355.59939099589
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 22 )A2 - 221 - 21
22chain 'A' and (resid 23 through 79 )A23 - 7922 - 78
33chain 'A' and (resid 80 through 113 )A80 - 11379 - 112
44chain 'A' and (resid 114 through 175 )A114 - 175113 - 174
55chain 'A' and (resid 176 through 192 )A176 - 192175 - 191
66chain 'A' and (resid 193 through 274 )A193 - 274192 - 273
77chain 'A' and (resid 275 through 402 )A - C275 - 402274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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