PDB-8hu5: Crystal structure of DNA octamer containing GuNA[Me,tBu]

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hu5

タイトル

Crystal structure of DNA octamer containing GuNA[Me,tBu]

要素

DNA (5'-D(*GP*(LR6)P*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3')

キーワード

DNA / OLIGONUCLEOTIDE / MODIFIED BASE / Artificial nucleic acid

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 0.93 Å

データ登録者

Aoyama, H. / Obika, H. / Yamaguchi, T.

資金援助

日本, 8件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K06511	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05748	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP19am0101084	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP18am0301004,	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	19am0401003	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21ae0121022,	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21ae0121023	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21ae012102	日本

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Mechanism of the extremely high duplex-forming ability of oligonucleotides modified with N-tert-butylguanidine- or N-tert-butyl-N'- methylguanidine-bridged nucleic acids.
著者: Yamaguchi, T. / Horie, N. / Aoyama, H. / Kumagai, S. / Obika, S.

履歴

登録	2022年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hu5.cif.gz	24.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hu5.ent.gz	14 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hu5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hu5_validation.pdf.gz	369.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hu5_full_validation.pdf.gz	371 KB	表示
XML形式データ	8hu5_validation.xml.gz	3.3 KB	表示
CIF形式データ	8hu5_validation.cif.gz	4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/8hu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/8hu5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hisC 8i50C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*(LR6)P*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3')

2.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*(LR6)P*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.494, 42.494, 24.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GP(LR6)PGP(BRU)PAPCPAPC)-3') 分子量: 2630.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 0.012M Spermine tetrahydrochloride, 0.012M Sodium chloride, 0.080M Potassium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9199 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9199 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.93→21.1 Å / Num. obs: 27813 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.56 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 15.97

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
0.93-0.99	0.237	3969	0.926	0.281	1
0.99-1.06	0.147	4352	0.988	0.159	1
1.06-1.14	0.099	4016	0.994	0.106	1
1.14-1.25	0.081	3685	0.996	0.088	1
1.25-1.4	0.08	3349	0.996	0.086	1
1.4-1.61	0.075	2961	0.997	0.081	1
1.61-1.97	0.067	2493	0.997	0.072	1
1.97-2.77	0.073	1931	0.992	0.079	1
2.77-10	0.103	1057	0.977	0.115	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20-1-4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 0.93→21.1 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	2778	9.99 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1944	27813	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.93→21.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	171	0	51	222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.399	296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.321	85
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	31
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	10

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.93-0.95	0.2761	87	0.3031	794	X-RAY DIFFRACTION	62
0.95-0.96	0.3228	138	0.2928	1241	X-RAY DIFFRACTION	95
0.96-0.98	0.2963	135	0.2793	1272	X-RAY DIFFRACTION	99
0.98-1	0.2956	144	0.2508	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
1-1.03	0.246	144	0.2422	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.05	0.3015	138	0.2468	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.05-1.08	0.2676	142	0.2342	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.08-1.1	0.2418	143	0.2303	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1-1.14	0.2669	141	0.2141	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.14-1.17	0.2211	145	0.2084	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.17-1.22	0.2337	140	0.2044	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.26	0.197	137	0.1945	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.32	0.1972	148	0.1988	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.39	0.2211	142	0.2036	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.48	0.2298	143	0.1981	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.59	0.2032	140	0.1851	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.75	0.18	146	0.1556	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-2.01	0.1896	144	0.1712	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.53	0.2162	136	0.1814	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-10	0.1995	145	0.1846	1260	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.3033 Å / Origin y: 8.7428 Å / Origin z: 3.6578 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0966 Å²	0.0064 Å²	0.001 Å²	-	0.0867 Å²	-0.0018 Å²	-	-	0.076 Å²
L	1.3772 °²	0.8143 °²	0.2878 °²	-	2.3202 °²	-0.0906 °²	-	-	0.6077 °²
S	-0.0083 Å °	0.1349 Å °	0.031 Å °	-0.1852 Å °	0.0768 Å °	0.0455 Å °	0.0354 Å °	0.0713 Å °	-0.056 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and (resid 1 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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