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- PDB-8htg: Crystal structure of Golf in complex with GTP-gamma S and Mg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8htg
タイトルCrystal structure of Golf in complex with GTP-gamma S and Mg
要素Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Olfactory Signaling Pathway / cellular response to dopamine / response to caffeine / regulation of long-term synaptic depression / response to amphetamine / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway ...Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Olfactory Signaling Pathway / cellular response to dopamine / response to caffeine / regulation of long-term synaptic depression / response to amphetamine / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Kang, H. / Choi, H.-J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Samsung Science and Technology FoundationSSTF-BA1901-09 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Understanding the molecular mechanisms of odorant binding and activation of the human OR52 family.
著者: Chulwon Choi / Jungnam Bae / Seonghan Kim / Seho Lee / Hyunook Kang / Jinuk Kim / Injin Bang / Kiheon Kim / Won-Ki Huh / Chaok Seok / Hahnbeom Park / Wonpil Im / Hee-Jung Choi /
要旨: Structural and mechanistic studies on human odorant receptors (ORs), key in olfactory signaling, are challenging because of their low surface expression in heterologous cells. The recent structure of ...Structural and mechanistic studies on human odorant receptors (ORs), key in olfactory signaling, are challenging because of their low surface expression in heterologous cells. The recent structure of OR51E2 bound to propionate provided molecular insight into odorant recognition, but the lack of an inactive OR structure limited understanding of the activation mechanism of ORs upon odorant binding. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of consensus OR52 (OR52), a representative of the OR52 family, in the ligand-free (apo) and octanoate-bound states. The apo structure of OR52 reveals a large opening between transmembrane helices (TMs) 5 and 6. A comparison between the apo and active structures of OR52 demonstrates the inward and outward movements of the extracellular and intracellular segments of TM6, respectively. These results, combined with molecular dynamics simulations and signaling assays, shed light on the molecular mechanisms of odorant binding and activation of the OR52 family.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
C: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
D: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,93217
ポリマ－184,2694
非ポリマー2,66313
水93752
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8836
ポリマ－46,0671
非ポリマー8165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6934
ポリマ－46,0671
非ポリマー6263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
3
C: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7264
ポリマ－46,0671
非ポリマー6593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16390 Å2
手法PISA
4
D: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6313
ポリマ－46,0671
非ポリマー5642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.730, 52.360, 125.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / olfactory type


分子量: 46067.273 Da / 分子数: 4 / 変異: C3S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnal
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8CGK7

-
非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 3350, 0.2M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→27.57 Å / Num. obs: 30932 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 43.54 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1779 / Rpim(I) all: 0.1122 / Rrim(I) all: 0.2108 / Net I/σ(I): 7.13
反射 シェル解像度: 2.91→3.01 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8078 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 3030 / CC1/2: 0.67 / CC star: 0.896 / Rpim(I) all: 0.5036 / Rrim(I) all: 0.9542 / % possible all: 99.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→27.57 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1547 5 %
Rwork0.23 --
obs0.2318 30910 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→27.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10828 0 155 52 11035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55115182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.184203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-30.33241370.30862611X-RAY DIFFRACTION100
3-3.110.3551400.31692641X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.240.3581400.29732655X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.380.3661370.29492609X-RAY DIFFRACTION99
3.38-3.560.29281400.27312664X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.780.2681410.24292669X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.070.25711410.20172670X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.480.21991400.18752663X-RAY DIFFRACTION100
4.48-5.130.21261410.17442683X-RAY DIFFRACTION100
5.13-6.440.24581430.22232706X-RAY DIFFRACTION99
6.45-27.570.22511470.19292792X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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