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- PDB-8hte: Crystal structure of an effector mutant in complex with ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hte
タイトルCrystal structure of an effector mutant in complex with ubiquitin
要素
  • NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
  • Ubiquitin
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / ribosomal large subunit export from nucleus / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / host cell / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit ...glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / ribosomal large subunit export from nucleus / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / host cell / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / NICOTINAMIDE / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Tan, J. / Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81530068 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81322024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370722 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81561130162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81501717 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of threonine ADP-ribosylation of ubiquitin by bacterial ARTs.
著者: Tan, J. / Xu, Y. / Wang, X. / Yan, F. / Xian, W. / Liu, X. / Chen, Y. / Zhu, Y. / Zhou, Y.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6478
ポリマ－34,5902
非ポリマー1,0586
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.074, 70.478, 90.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD(+)--protein-threonine ADP-ribosyltransferase / Adenosine diphosphate-ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase / Type III effector CteC


分子量: 26020.902 Da / 分子数: 1 / 変異: E220A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: cteC, CV_1467 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7NY09, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 Ubiquitin / Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL40A, UBI1, YIL148W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CH08

-
非ポリマー , 5種, 265分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM BIS-TRIS propane, pH 7.0, and 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17106 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.473 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 73589
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.344.60.4458500.8910.230.5020.43799.6
2.34-2.384.50.3728380.9120.1930.4210.43799.3
2.38-2.434.50.3598310.9180.1850.4050.42699.6
2.43-2.484.50.3148320.9270.1640.3550.43899.2
2.48-2.534.50.2718440.9450.1420.3070.43699.5
2.53-2.594.40.2468430.9520.1290.2790.43899.5
2.59-2.664.30.2258380.9530.120.2560.44799.8
2.66-2.734.10.1838480.9670.1010.210.44999.3
2.73-2.814.20.1758450.9720.0960.20.4599.3
2.81-2.94.20.1528330.9780.0830.1740.42899.8
2.9-34.50.1358520.9840.070.1530.43499.9
3-3.124.60.1148530.9880.0590.1280.43199.6
3.12-3.264.60.0928670.9920.0480.1040.43399.8
3.26-3.444.50.0848380.9930.0440.0950.45699.8
3.44-3.6540.1118360.9510.0620.1280.76495.9
3.65-3.933.70.1158520.9550.070.1361.11397.7
3.93-4.3340.0518700.9960.0280.0590.442100
4.33-4.954.40.0488880.9970.0250.0540.408100
4.95-6.244.30.0518820.9960.0280.0590.39699.9
6.24-503.70.0399660.9990.0220.0450.34499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.307→32.84 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 848 4.99 %
Rwork0.1714 --
obs0.1742 16996 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.25 Å2 / Biso mean: 27.7243 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.307→32.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 44 259 2639
Biso mean--65.23 33.55 -
残基数----297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.307-2.45140.26221370.1825260298
2.4514-2.64060.24871410.18962678100
2.6406-2.90620.27091390.19072665100
2.9062-3.32640.24441420.18432713100
3.3264-4.18960.21711370.1606262896
4.1896-32.840.18831520.15432862100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.964-0.1259-0.05170.7105-0.5650.8161-0.0124-0.0644-0.0202-0.0317-0.01670.0090.00780.0429-0.01020.0797-0.01320.00610.0593-0.00480.0718123.4682.8929.74
20.53470.1507-0.09670.15770.14460.2897-0.12520.5154-0.3749-0.13390.1181-0.04340.0495-0.0015-0.00540.1321-0.00530.00770.2522-0.07630.1848118.48181.773-17.929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 44:276 )A44 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 1:72 OR RESID 101:101 ) )B1 - 72
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 1:72 OR RESID 101:101 ) )B101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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