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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8htc | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a SeMet-labeled effector from Chromobacterium violaceum in complex with Ubiquitin | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Ubiquitination (ユビキチン) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 宿主 / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / extracellular region / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tan, J. / Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of threonine ADP-ribosylation of ubiquitin by bacterial ARTs. 著者: Tan, J. / Xu, Y. / Wang, X. / Yan, F. / Xian, W. / Liu, X. / Chen, Y. / Zhu, Y. / Zhou, Y. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8htc.cif.gz | 136.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8htc.ent.gz | 103.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8htc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/8htc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/8htc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8htdC 8hteC 8htfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26407.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (バクテリア) 株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757 遺伝子: cteC, CV_1467 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: Q7NY09, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8988.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J3QTR3 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.25, 200 mM sodium acetate, 22% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→41.409 Å / Num. obs: 27318 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.738 % / Biso Wilson estimate: 40.397 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 6.21 / Num. measured all: 74784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→41.409 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.02
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.32 Å2 / Biso mean: 42.6331 Å2 / Biso min: 12.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→41.409 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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