+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8htf | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of an effector in complex with ubiquitin | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / Ubiquitination | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell / glycosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / extracellular region / nucleus Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (bacteria) Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.151 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Tan, J. / Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y. | |||||||||||||||||||||
Funding support | China, 6items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2024 Title: Molecular basis of threonine ADP-ribosylation of ubiquitin by bacterial ARTs. Authors: Tan, J. / Xu, Y. / Wang, X. / Yan, F. / Xian, W. / Liu, X. / Chen, Y. / Zhu, Y. / Zhou, Y. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8htf.cif.gz | 135.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8htf.ent.gz | 101.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8htf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/8htf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/8htf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8htcC 8htdC 8hteC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26078.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (bacteria) Strain: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757 Gene: cteC, CV_1467 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q7NY09, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases |
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#2: Protein | Mass: 8988.284 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RPS27A / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J3QTR3 |
#3: Chemical | ChemComp-NAD / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.25 Details: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.25, 200 mM sodium acetate, 22% PEG 8000, 25% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 15450 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.189 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 99586 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.151→49.798 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 25.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.41 Å2 / Biso mean: 39.117 Å2 / Biso min: 16.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.151→49.798 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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