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- PDB-8hsa: Brucella melitensis 7-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase mutant: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hsa
タイトルBrucella melitensis 7-alpha-Hydroxysteroid Dehydrogenase mutant: 1-53 truncation/M196I/I258M/K262T-NAD+
要素7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SDR family / hydroxysteroid dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / monocarboxylic acid metabolic process / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, Z.Y. / Zhang, R.Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31970045 中国
National Science Foundation (NSF, China)32271487 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
著者: Liu, Z.Y. / Zhang, R.Z.
履歴
登録2022年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
A: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
B: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
C: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
D: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
E: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
F: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
H: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,38016
ポリマ－203,0738
非ポリマー5,3078
水00
1
G: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
B: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－50,7682
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
2
A: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
C: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－50,7682
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
3
D: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
F: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－50,7682
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
4
E: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

H: 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0954
ポリマ－50,7682
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.931, 108.647, 130.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 25384.078 Da / 分子数: 8 / 変異: M196I/I258M/K262T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated: in our study, wild-type 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase (protein_id="QEX87556.1") from Brucella melis strain RM57(RM57CP044342.1) was cloned into E. coli. Sequence ...詳細: Author stated: in our study, wild-type 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase (protein_id="QEX87556.1") from Brucella melis strain RM57(RM57CP044342.1) was cloned into E. coli. Sequence reference for strain RM57 is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q8YIN7.
由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (マルタ熱菌)
株: RM57 / 遺伝子: BMEI0406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8YIN7, 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Sodium formate, 20% PEG ester 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→23.84 Å / Num. obs: 68427 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 35933 / CC1/2: 0.885

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→23.84 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3149 3758 5.49 %
Rwork0.225 --
obs0.23 68420 92.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→23.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14071 0 352 0 14423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26419940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1462065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.040.37551340.332386X-RAY DIFFRACTION90
3.04-3.080.46371420.30172462X-RAY DIFFRACTION94
3.08-3.120.36981400.29442458X-RAY DIFFRACTION94
3.12-3.160.37211440.28942411X-RAY DIFFRACTION94
3.16-3.210.41321450.30322506X-RAY DIFFRACTION94
3.21-3.260.43291420.28562362X-RAY DIFFRACTION94
3.26-3.310.36321380.28972405X-RAY DIFFRACTION93
3.31-3.370.38231470.2972494X-RAY DIFFRACTION93
3.37-3.430.38591380.27812379X-RAY DIFFRACTION93
3.43-3.50.42161390.25242411X-RAY DIFFRACTION93
3.5-3.570.37751460.24982439X-RAY DIFFRACTION93
3.57-3.650.35241430.24942391X-RAY DIFFRACTION93
3.65-3.730.34461420.23812420X-RAY DIFFRACTION93
3.73-3.820.33421390.24922391X-RAY DIFFRACTION93
3.83-3.930.31211390.23472419X-RAY DIFFRACTION93
3.93-4.040.31021470.22142426X-RAY DIFFRACTION93
4.04-4.170.27521390.20052369X-RAY DIFFRACTION92
4.17-4.320.24381290.19932421X-RAY DIFFRACTION92
4.32-4.490.27351430.18432376X-RAY DIFFRACTION92
4.49-4.70.27871370.18322388X-RAY DIFFRACTION92
4.7-4.940.27111400.17682397X-RAY DIFFRACTION91
4.94-5.250.27861350.18722379X-RAY DIFFRACTION92
5.25-5.650.27031390.19712335X-RAY DIFFRACTION90
5.65-6.210.27921320.20662353X-RAY DIFFRACTION91
6.21-7.090.30711340.19132350X-RAY DIFFRACTION91
7.09-8.850.21151390.15652332X-RAY DIFFRACTION90
8.85-23.840.20261260.15152202X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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