PDB-8hd8: Crystal structure of TMPRSS2 in complex with 212-148

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hd8

タイトル

Crystal structure of TMPRSS2 in complex with 212-148

要素

(Transmembrane protease serine 2 catalytic ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex / Host / Antiviral / ANTIVIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane protease serine 2 / symbiont-mediated induction of syncytium formation / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, H. / Liu, X. / Sun, L. / Yang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-based discovery of dual pathway inhibitors for SARS-CoV-2 entry.
著者: Wang, H. / Yang, Q. / Liu, X. / Xu, Z. / Shao, M. / Li, D. / Duan, Y. / Tang, J. / Yu, X. / Zhang, Y. / Hao, A. / Wang, Y. / Chen, J. / Zhu, C. / Guddat, L. / Chen, H. / Zhang, L. / Chen, X. ...

履歴

登録	2022年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hd8.cif.gz	305.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hd8.ent.gz	243.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hd8_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hd8_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8hd8_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	8hd8_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xydC 7y0eC 7y0fC 8he9C 8heiC 8henC 8hetC 8hfvC 7meqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

C: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

B: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

D: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

ヘテロ分子

88.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

C: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

D: Transmembrane protease serine 2 catalytic chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.474, 93.835, 94.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Transmembrane protease serine 2 catalytic ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Transmembrane protease serine 2 catalytic chain 分子量: 16054.661 Da / 分子数: 2 / 変異: Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK. / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O15393
#2: タンパク質	Transmembrane protease serine 2 catalytic chain 分子量: 27856.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O15393

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 268分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GBS / 4-carbamimidamidobenzoic acid / Nafamostat, bound form / 4-グアニジノ安息香酸分子量: 179.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: 抗がん剤, 抗凝固剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	Chains A and C, as well as B and D, were manipulated as one single peptide, but auto-cleaved at ...Chains A and C, as well as B and D, were manipulated as one single peptide, but auto-cleaved at residue 256 during zymogen activation.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→46.92 Å / Num. obs: 33102 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.41 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.98

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.4-2.54	0.708	5316	0.612	0.829	1
2.54-2.72	0.487	5024	0.798	0.56	1
2.72-2.94	0.352	4667	0.916	0.396	1
2.94-3.22	0.218	4283	0.972	0.244	1
3.22-3.6	0.124	3917	0.989	0.139	1
3.6-4.15	0.078	3438	0.995	0.088	1
4.15-5.08	0.058	2910	0.997	0.065	1
5.08-7.18	0.063	2284	0.996	0.071	1
7.18-46.92	0.04	1263	0.997	0.046	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	2020-12-02	データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487-000	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	2020-12-02	データ削減
PHENIX	1.20.1-4487-000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7MEQ

7meq

解像度: 2.4→46.92 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	1993	6.02 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.184	33097	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5681	0	40	264	5985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	8022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.774	807
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	857
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3163	140	0.2828	2220	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.53	0.3083	133	0.264	2207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.6	0.2915	155	0.2349	2203	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.68	0.2951	143	0.2255	2170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.78	0.2508	136	0.2191	2249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.89	0.252	145	0.2205	2207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.02	0.2588	138	0.2236	2231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.18	0.2566	147	0.1942	2195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.38	0.244	139	0.1863	2241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.64	0.1987	144	0.177	2208	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.01	0.2057	142	0.1553	2235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.59	0.1579	140	0.1379	2235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.78	0.1847	144	0.1478	2240	X-RAY DIFFRACTION	100
5.78-46.92	0.177	147	0.1668	2263	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9067	-0.4349	-0.3248	2.2874	-0.391	0.3965	0.0909	-0.3762	-0.1148	0.3625	-0.1663	-0.6933	0.0271	0.3328	0.1373	0.3634	-0.0303	-0.0777	0.4335	0.0324	0.5523	19.048	10.287	19.828
2	1.2891	0.16	0.3156	1.1053	-0.3871	1.4489	-0.1171	0.2184	0.1254	0.0713	-0.0536	-0.5019	-0.3026	0.352	0.2037	0.3616	-0.0564	-0.0399	0.3546	0.0704	0.4269	14.425	18.287	9.085
3	0.4229	-0.5076	0.0802	0.963	-0.6655	0.9367	-0.1645	0.1207	0.2154	0.3482	-0.2794	-0.2875	-0.119	0.6513	0.2305	0.3995	-0.0804	-0.1103	0.4138	0.1064	0.4263	12.824	20.732	9.892
4	1.4531	-0.0842	0.2754	1.2828	0.183	1.2026	0.0143	-0.0558	-0.051	0.0046	-0.0396	0.0058	0.1322	-0.0295	0.0365	0.252	0.0002	-0.005	0.24	0.0016	0.2474	-1.839	-7.806	11.456
5	1.4678	-0.1359	0.3889	1.4053	-0.1778	1.5647	0.0051	-0.1754	-0.112	0.152	-0.1029	-0.0633	0.0347	-0.1229	0.077	0.2459	-0.0313	-0.0072	0.2557	0.001	0.2217	-1.88	-2.566	21.62
6	1.7695	0.8966	0.7492	0.5214	0.267	0.6081	-0.1817	0.108	0.5818	-0.1685	-0.2395	0.1567	-0.3686	-0.4944	0.3197	0.4866	-0.0138	0.0043	0.5756	-0.1149	0.3802	-23.302	1.77	-49.174
7	1.1644	-0.8226	0.5877	0.9505	0.068	0.9186	0.1422	0.2659	-0.4811	-0.1612	-0.196	0.0837	0.9039	-0.1493	0.1288	0.7051	-0.0138	0.0509	0.5212	-0.092	0.4851	-16.917	-14.227	-38.102
8	0.8229	-0.0073	-0.2197	0.2104	-0.1973	0.2399	-0.0344	0.2088	-0.2466	0.1034	-0.018	-0.0058	0.4764	-0.3301	0.0517	0.6432	0.0228	0.0454	0.469	-0.1003	0.4555	-18.601	-13.103	-29.563
9	1.316	0.084	-0.0455	1.3035	0.0139	1.6747	-0.0205	0.0777	0.0955	0.0736	0.0297	0.0709	-0.0386	-0.0707	0.0126	0.2177	0.0061	0.0111	0.2227	0.0084	0.2541	-17.032	9.447	-19.082
10	1.1328	-0.0641	0.1376	2.0347	-0.0287	1.6576	-0.038	0.2253	-0.0719	-0.1869	0.0089	0.104	0.0053	-0.0461	0.0154	0.2796	-0.0331	0.0243	0.2702	-0.0179	0.2831	-21.785	5.255	-24.868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 117:162 )	A	117 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 163:220 )	A	163 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 221:245 )	A	221 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 246:250 ) OR ( CHAIN C AND RESID 256:410 )	A	246 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 246:250 ) OR ( CHAIN C AND RESID 256:410 )	C	256 - 410
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 411:495 )	C	411 - 495
7	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 113:146 )	B	113 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 147:220 )	B	147 - 220
9	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 221:253 ) OR ( CHAIN D AND RESID 256:257 )	B	221 - 253
10	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 221:253 ) OR ( CHAIN D AND RESID 256:257 )	D	256 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 258:443 )	D	258 - 443
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 444:494 )	D	444 - 494

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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リンク

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集合体

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要素

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Transmembrane protease serine 2 catalytic ... , 2種, 4分子 ABCD

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糖 , 1種, 1分子

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非ポリマー , 3種, 268分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)