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万見
- PDB-8hei: Crystal structure of CTSB in complex with E64d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hei
タイトルCrystal structure of CTSB in complex with E64d
要素Cathepsin B
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / inhibitor / antiviral / protease / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin B / peptidase inhibitor complex / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Collagen degradation / collagen catabolic process ...cathepsin B / peptidase inhibitor complex / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Collagen degradation / collagen catabolic process / decidualization / collagen binding / epithelial cell differentiation / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / melanosome / peptidase activity / : / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E6D / Cathepsin B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Wang, H. / Li, D. / Sun, L. / Yang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169109 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-based discovery of dual pathway inhibitors for SARS-CoV-2 entry.
著者: Wang, H. / Yang, Q. / Liu, X. / Xu, Z. / Shao, M. / Li, D. / Duan, Y. / Tang, J. / Yu, X. / Zhang, Y. / Hao, A. / Wang, Y. / Chen, J. / Zhu, C. / Guddat, L. / Chen, H. / Zhang, L. / Chen, X. ...著者: Wang, H. / Yang, Q. / Liu, X. / Xu, Z. / Shao, M. / Li, D. / Duan, Y. / Tang, J. / Yu, X. / Zhang, Y. / Hao, A. / Wang, Y. / Chen, J. / Zhu, C. / Guddat, L. / Chen, H. / Zhang, L. / Chen, X. / Jiang, B. / Sun, L. / Rao, Z. / Yang, H.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8215
ポリマ－28,2001
非ポリマー6214
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.115, 81.509, 94.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin B / APP secretase / APPS / Cathepsin B1


分子量: 28200.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSB, CPSB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07858, cathepsin B
#2: 化合物 ChemComp-E6D / ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate


分子量: 344.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30.81 Å / Num. obs: 34825 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 10.41 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 15.92
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.55-1.640.62553570.8880.6611
1.64-1.760.4752000.9550.4941
1.76-1.90.3548750.9760.3681
1.9-2.080.25745040.9880.271
2.08-2.320.18841220.9910.1981
2.32-2.680.14236590.9960.1491
2.68-3.280.09331520.9970.0981
3.28-4.640.06224890.9980.0661
4.64-30.810.05814670.9980.0611

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2020-12-02データスケーリング
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
XDS2020-12-02データ削減
PHENIX1.20.1-4487-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AY2

6ay2


解像度: 1.55→30.81 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1726 2000 5.74 %
Rwork0.1503 --
obs0.1516 34818 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 42 266 2257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9052797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.271298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.22081340.19362201X-RAY DIFFRACTION94
1.59-1.630.21461380.17932253X-RAY DIFFRACTION95
1.63-1.680.19241400.17222320X-RAY DIFFRACTION99
1.68-1.730.20971390.16392271X-RAY DIFFRACTION95
1.73-1.80.20621400.16582298X-RAY DIFFRACTION99
1.8-1.870.17961410.15692307X-RAY DIFFRACTION97
1.87-1.950.14571410.14172328X-RAY DIFFRACTION97
1.95-2.050.16081430.14182345X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.180.18171440.15252361X-RAY DIFFRACTION98
2.18-2.350.17631440.14352359X-RAY DIFFRACTION98
2.35-2.590.17431450.152365X-RAY DIFFRACTION98
2.59-2.960.17081450.15152398X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.730.15791480.13482434X-RAY DIFFRACTION99
3.73-30.810.15741580.14722578X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4861-0.07260.05781.06070.04251.11720.0242-0.02480.02860.1523-0.0386-0.0419-0.11370.04930.00890.059-0.01450.00270.0775-0.00610.0623-10.6417-11.007611.5572
20.6141-1.38010.06483.1848-0.14050.4589-0.0975-0.10010.05290.57120.07690.1967-0.2038-0.0010.00150.2369-0.00550.04220.1176-0.01570.1099-15.8806-4.550223.8662
30.4396-0.0931-0.06711.27260.03460.92790.0255-0.02850.01610.1159-0.02910.0052-0.0907-0.0094-0.00020.04-0.01040.00210.0778-0.01110.0666-9.4296-6.76979.2611
41.0632-0.2373-0.04871.37230.37981.25290.0356-0.01260.08750.0301-0.03270.0649-0.1428-0.0471-0.01350.0401-0.00680.00310.0624-0.00340.0626-13.1278-0.62374.143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 125 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 194 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 195 through 254 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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