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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h1k | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose-2-epimerase from Runella slithyformis Runsl_4512 | ||||||||||||||||||
![]() | N-acylglucosamine 2-epimerase![]() | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Wang, H. / Sun, X.M. / Saburi, W. / Yu, J. / Yao, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the substrate specificity and activity of a novel mannose 2-epimerase from Runella slithyformis. 著者: Wang, H. / Sun, X. / Saburi, W. / Hashiguchi, S. / Yu, J. / Ose, T. / Mori, H. / Yao, M. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 49083.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Runsl_4512 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMT / ![]() | ||||
#3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.51 % |
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結晶化![]() | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.4 M sodium formate, 20 mM glucose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.6→47 Å / Num. obs: 99680 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 15.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1499 / Net I/σ(I): 14.15 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.8708 / Num. unique obs: 9841 / CC1/2: 0.923 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3vw5 解像度: 1.6→47 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.6912 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -21.4049654101 Å / Origin y: 59.1785975754 Å / Origin z: 7.09916815636 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |