PDB-8h1k: Crystal structure of glucose-2-epimerase from Runella slithyformi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h1k

タイトル

Crystal structure of glucose-2-epimerase from Runella slithyformis Runsl_4512

要素

N-acylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Apo form / Runsl

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Runella slithyformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wang, H. / Sun, X.M. / Saburi, W. / Yu, J. / Yao, M.

資金援助

日本, 5件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K05382	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K05388	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H01754	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP18am0101071 (0058)	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP19am0101083	日本

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the substrate specificity and activity of a novel mannose 2-epimerase from Runella slithyformis.
著者: Wang, H. / Sun, X. / Saburi, W. / Hashiguchi, S. / Yu, J. / Ose, T. / Mori, H. / Yao, M.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h1k.cif.gz	250.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h1k.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h1k_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h1k_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	8h1k_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	8h1k_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/8h1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h1lC 8h1mC 8h1nC 3vw5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

A: N-acylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.366, 113.366, 116.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-854- HOH

#1: タンパク質	N-acylglucosamine 2-epimerase 分子量: 49083.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Runella slithyformis (バクテリア) 遺伝子: Runsl_4512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U4E834
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.4 M sodium formate, 20 mM glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47 Å / Num. obs: 99680 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 15.18 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1499 / Net I/σ(I): 14.15
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / R_merge(I) obs: 0.8708 / Num. unique obs: 9841 / CC_1/2: 0.923

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3vw5

3vw5

解像度: 1.6→47 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.6912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1616	4979	5 %
R_work	0.1419	94690	-
obs	0.1428	99669	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3449	0	21	537	4007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0184	3687
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5697	5001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1078	500
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0134	647
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0923	495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2349	163	0.1992	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.62-1.64	0.1865	177	0.1776	3113	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.64-1.66	0.1772	149	0.158	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.1572	147	0.1461	3127	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.7	0.1565	175	0.1421	3104	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.72	0.1592	175	0.1372	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.72-1.75	0.1551	166	0.1344	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.1638	163	0.1342	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.1521	166	0.137	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.1782	167	0.1354	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.1486	144	0.14	3145	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.9	0.157	157	0.1405	3117	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.9-1.93	0.1704	158	0.1392	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.161	155	0.1354	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.1417	154	0.1312	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.1486	164	0.1277	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.11	0.16	177	0.1329	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.1551	165	0.129	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1417	157	0.1337	3138	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.24-2.31	0.1448	155	0.1363	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.1688	175	0.1333	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.1823	175	0.1422	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.186	185	0.1549	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.1737	184	0.1552	3166	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.74-2.91	0.1774	162	0.1611	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.1686	175	0.1557	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.1755	160	0.1442	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.1443	172	0.1252	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.97	0.1204	188	0.117	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-47	0.1889	169	0.1709	3442	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -21.4049654101 Å / Origin y: 59.1785975754 Å / Origin z: 7.09916815636 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.107681880315 Å²	-0.014700248035 Å²	-0.000839670048872 Å²	-	0.0993881657047 Å²	0.00524118423328 Å²	-	-	0.100859401635 Å²
L	0.544253418327 °²	-0.20000518311 °²	0.130203605594 °²	-	0.602092506681 °²	-0.106629038803 °²	-	-	0.592878439401 °²
S	0.000461413713251 Å °	0.0062094944726 Å °	-0.0528909228609 Å °	0.00131593647661 Å °	0.0271668136761 Å °	0.0391576698017 Å °	0.0433291217937 Å °	-0.0334546991086 Å °	-0.0266134376593 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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