[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8h1l: Crystal structure of glucose-2-epimerase in complex with D-Glucit... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8h1l | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of glucose-2-epimerase in complex with D-Glucitol from Runella slithyformis Runsl_4512 | ||||||||||||||||||
![]() | N-acylglucosamine 2-epimerase | ||||||||||||||||||
![]() | ISOMERASE / complex form / Runsl | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() N-acylglucosamine 2-epimerase activity / sulfoquinovose isomerase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Wang, H. / Sun, X.M. / Saburi, W. / Yu, J. / Yao, M. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the substrate specificity and activity of a novel mannose 2-epimerase from Runella slithyformis. Authors: Wang, H. / Sun, X. / Saburi, W. / Hashiguchi, S. / Yu, J. / Ose, T. / Mori, H. / Yao, M. | ||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 823 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 570.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 482.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 64.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 92.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8h1kC ![]() 8h1mC ![]() 8h1nC ![]() 3vw5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 49083.070 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.33 Å3/Da / Density % sol: 71.57 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 3.6M sodium formate, 486 mM D-glucitol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.33→48.53 Å / Num. obs: 140052 / % possible obs: 99.23 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.85 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1086 / Net I/σ(I): 9.66 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.5531 / Num. unique obs: 51624 / CC1/2: 0.784 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3vw5 Resolution: 2.33→48.53 Å / SU ML: 0.2395 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.3378 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→48.53 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -18.516638157 Å / Origin y: 32.3710003478 Å / Origin z: 34.3883789893 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |