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- PDB-8grm: Cryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8grm
タイトルCryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome
要素
  • (Histone H2B type 1- ...) x 2
  • COMMD3 protein
  • DNA (144-MER)
  • DNA (145-MER)
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Ring1B
  • UbcH5b
  • Ubiquitin
キーワードNUCLEAR PROTEIN / PRC1 / Ring1B / Bmi1 / H2AK119 / H2AK119-UbcH5c-Ub / Nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / anterior/posterior axis specification ...histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / sex chromatin / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / anterior/posterior axis specification / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / seminiferous tubule development / negative regulation of gene expression, epigenetic / female gonad development / Transcriptional Regulation by E2F6 / germ cell development / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / MLL1 complex / male meiosis I / : / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / ubiquitin ligase complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / neuron projection morphogenesis / protein localization to CENP-A containing chromatin / energy homeostasis / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / regulation of proteasomal protein catabolic process / Packaging Of Telomere Ends / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / SUMOylation of transcription cofactors / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / epigenetic regulation of gene expression / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / regulation of neuron apoptotic process / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / RNA Polymerase I Promoter Opening / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / VLDLR internalisation and degradation / Meiotic synapsis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion synthesis by REV1 / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / Regulation of PTEN gene transcription / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / DNA methylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Condensation of Prophase Chromosomes
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Zinc finger, RING-type, conserved site ...E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Ubiquitin-like (UB roll) / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H4 / Histone H3 / Histone H2B type 1-K / Histone H2A type 1-B/E / Polyubiquitin-B / Polycomb complex protein BMI-1 / E3 ubiquitin-protein ligase RING2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Ai, H.S. / Zebin, T. / Zhihend, D. / Jiakun, T. / Liying, Z. / Jia-Bin, L. / Man, P. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 81621002, 21977090 中国
引用ジャーナル: Chem / 年: 2023
タイトル: Synthetic E2-Ub-nucleosome conjugates for studying nucleosome ubiquitination.
著者: Ai, H.S. / Tong, Z. / Deng, Z. / Tian, J. / Zhang, L. / Sun, M. / Du, Y. / Xu, Z. / Shi, Q. / Liang, L. / Zheng, Q. / Li, J.B. / Pan, M. / Liu, L.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年4月12日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年4月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1-B/E
D: Histone H2B type 1-K
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1-B/E
H: Histone H2B type 1-K
M: COMMD3 protein
N: Ring1B
I: DNA (144-MER)
J: DNA (145-MER)
O: Ubiquitin
P: UbcH5b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,88718
ポリマ－225,62614
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 10分子 AEBFCGMNOP

#1: タンパク質 Histone H3


分子量: 11562.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOC102839401, LOC102825049, LOC102826576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I9KHI6
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 9704.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q2SS86
#3: タンパク質 Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m


分子量: 11995.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#6: タンパク質 COMMD3 protein


分子量: 11865.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IB93
#7: タンパク質 Ring1B


分子量: 11530.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99496
#10: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#11: タンパク質 UbcH5b


分子量: 16575.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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Histone H2B type 1- ... , 2種, 2分子 DH

#4: タンパク質 Histone H2B type 1-K / H2B K / HIRA-interacting protein 1


分子量: 10736.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC12, H2BFT, HIRIP1, HIST1H2BK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60814
#5: タンパク質 Histone H2B type 1-K / H2B K / HIRA-interacting protein 1


分子量: 10607.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC12, H2BFT, HIRIP1, HIST1H2BK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60814

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#8: DNA鎖 DNA (144-MER)


分子量: 44217.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#9: DNA鎖 DNA (145-MER)


分子量: 44992.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 4分子

#12: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of PRC1 and H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.35 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151276 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00916326
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92523293
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.1238891
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0552650
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041646

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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