EMDB-34834: Cryo-EM map of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome without...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-34834

タイトル

Cryo-EM map of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome without glutaraldehyde crosslinking at 3.09 angstrom

マップデータ

試料

複合体: complex of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Ai H / Zebin T / Zhiheng D / Jiakun T / Liying Z / Man P / Liu L

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Chem / 年: 2023
タイトル: Synthetic E2-Ub-nucleosome conjugates for studying nucleosome ubiquitination.
著者: Ai HS / Tong Z / Deng Z / Tian J / Zhang L / Sun M / Du Y / Xu Z / Shi Q / Liang L / Zheng Q / Li JB / Pan M / Liu L

履歴

登録	2022年11月22日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年4月12日	-
マップ公開	2023年4月12日	-
更新	2023年4月12日	-
現状	2023年4月12日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_34834.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_34834.map.gz	5.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-34834-v30.xml emd-34834.xml	13.8 KB 13.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_34834.png	81.9 KB
その他	emd_34834_additional_1.map.gz emd_34834_half_map_1.map.gz emd_34834_half_map_2.map.gz	49.7 MB 49.8 MB 49.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34834	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_34834_validation.pdf.gz	703.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_34834_full_validation.pdf.gz	702.6 KB	表示
XML形式データ	emd_34834_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	emd_34834_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34834 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34834	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	34206C 34207C 34208C 34212C 34837C 8grmC 8grqC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_34834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.944 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.944 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 274.944 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.074 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.007
最小 - 最大	-0.036091786 - 0.077350155
平均 (標準偏差)	0.0001252211 (±0.00214656)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_34834_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_34834_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_34834_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : complex of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome

全体	名称: complex of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome
要素	複合体: complex of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome

-
超分子 #1: complex of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome

超分子	名称: complex of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143857
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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