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- PDB-8gpy: Crystal structure of Omicron BA.4/5 RBD in complex with a neutral... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gpy
タイトルCrystal structure of Omicron BA.4/5 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv
要素
  • Spike protein S1
  • scFv
キーワードVIRAL PROTEIN / Omicron / crystal strcture / neutralizing antibody / scFV
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Gao, Y.X. / Song, Z.D. / Wang, W.M. / Guo, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870733, 81890990, 81730006, 82022002 中国
Other government2018YFE0200400, 2021YFA1100900, 2021YFA1102800 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of potent pan-variant SARS-CoV-2 neutralizing antibodies from individuals with Omicron breakthrough infection.
著者: Yu Guo / Guangshun Zhang / Qi Yang / Xiaowei Xie / Yang Lu / Xuelian Cheng / Hui Wang / Jingxi Liang / Jielin Tang / Yuxin Gao / Hang Shang / Jun Dai / Yongxia Shi / Jiaxi Zhou / Jun Zhou / ...著者: Yu Guo / Guangshun Zhang / Qi Yang / Xiaowei Xie / Yang Lu / Xuelian Cheng / Hui Wang / Jingxi Liang / Jielin Tang / Yuxin Gao / Hang Shang / Jun Dai / Yongxia Shi / Jiaxi Zhou / Jun Zhou / Hangtian Guo / Haitao Yang / Jianwei Qi / Lijun Liu / Shihui Ma / Biao Zhang / Qianyu Huo / Yi Xie / Junping Wu / Fang Dong / Song Zhang / Zhiyong Lou / Yan Gao / Zidan Song / Wenming Wang / Zixian Sun / Xiaoming Yang / Dongsheng Xiong / Fengjiang Liu / Xinwen Chen / Ping Zhu / Ximo Wang / Tao Cheng / Zihe Rao /
要旨: The SARS-CoV-2 Omicron variant evades most currently approved neutralizing antibodies (nAbs) and caused drastic decrease of plasma neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, ...The SARS-CoV-2 Omicron variant evades most currently approved neutralizing antibodies (nAbs) and caused drastic decrease of plasma neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the need for the development of pan-variant antivirals. Breakthrough infection induces a hybrid immunological response with potentially broad, potent and durable protection against variants, therefore, convalescent plasma from breakthrough infection may provide a broadened repertoire for identifying elite nAbs. We performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and BCR sequencing (scBCR-seq) of B cells from BA.1 breakthrough-infected patients who received 2 or 3 previous doses of inactivated vaccine. Elite nAbs, mainly derived from the IGHV2-5 and IGHV3-66/53 germlines, showed potent neutralizing activity across Wuhan-Hu-1, Delta, Omicron sublineages BA.1 and BA.2 at picomolar NT values. Cryo-EM analysis revealed diverse modes of spike recognition and guides the design of cocktail therapy. A single injection of paired antibodies cocktail provided potent protection in the K18-hACE2 transgenic female mouse model of SARS-CoV-2 infection.
履歴
登録2022年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年3月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: scFv
E: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4814
ポリマ－94,4814
非ポリマー00
水2,684149
1
A: Spike protein S1
E: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2412
ポリマ－47,2412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
C: scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2412
ポリマ－47,2412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.863, 92.092, 89.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22565.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 scFv


分子量: 24675.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Potassium formate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 48308 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 37.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.546.62.0617310.3330.862.2360.852100
2.54-2.596.81.54216680.4410.6341.6690.649100
2.59-2.646.81.26917260.5030.5221.3730.643100
2.64-2.696.61.03516940.5350.4381.1261.065100
2.69-2.756.80.88217050.6610.3630.9550.629100
2.75-2.826.80.72916850.740.3020.790.695100
2.82-2.896.80.60917000.8140.2510.660.675100
2.89-2.966.80.4817220.8580.1980.520.672100
2.96-3.056.90.37217060.910.1530.4030.69100
3.05-3.156.80.27516980.9480.1140.2980.768100
3.15-3.266.70.24816980.7690.1050.271.093100
3.26-3.396.50.15817260.9630.0670.1720.811100
3.39-3.556.80.1516970.9660.0630.1631.343100
3.55-3.736.80.12317200.9740.0510.1341.127100
3.73-3.976.80.1116950.9780.0450.1191.24699.9
3.97-4.276.80.06917400.9850.0290.0740.934100
4.27-4.76.60.05516980.9940.0230.0591.022100
4.7-5.386.60.05817240.9880.0250.0631.149100
5.38-6.786.70.05517360.9930.0230.061.063100
6.78-506.40.07117670.9840.0310.0772.02399.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nik

4nik


解像度: 2.51→49.6 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 3230 6.69 %
Rwork0.2149 45078 -
obs0.2173 48308 71.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.8 Å2 / Biso mean: 45.0135 Å2 / Biso min: 14.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6409 0 0 149 6558
Biso mean---34.56 -
残基数----828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.51-2.540.6206170.46972562739
2.54-2.580.4941260.414641944515
2.58-2.620.3493440.353161666022
2.62-2.670.2767670.32276583229
2.67-2.720.3083840.30231091117540
2.72-2.770.3407810.31357143849
2.77-2.830.26751130.30241466157954
2.83-2.890.33981270.30111603173060
2.89-2.960.30991260.29651818194465
2.96-3.030.33241400.27911952209274
3.03-3.110.27541620.27892131229378
3.11-3.20.34941580.24392391254985
3.2-3.310.24771720.26352446261890
3.31-3.420.29061860.24272549273594
3.43-3.560.2891850.22582665285098
3.56-3.720.27391830.21952679286298
3.72-3.920.26321900.20052663285398
3.92-4.170.20591970.19022712290999
4.17-4.490.19991870.16712710289799
4.49-4.940.18071920.1622692288499
4.94-5.650.24191990.17392703290299
5.65-7.120.21612000.193627152915100
7.12-49.60.21911940.18662679287398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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