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- PDB-8gmi: Citrate Synthase (CitA) in Mycobacterium tuberculosis modified by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gmi
タイトルCitrate Synthase (CitA) in Mycobacterium tuberculosis modified by Ebselen at C143 residue
要素citrate synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Citrate Synthesis / TCA cycle / cysteine modified by Ebselen
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-2-selanylbenzamide / CITRATE ANION / citrate synthase (unknown stereospecificity)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pathirage, R. / Ronning, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)CA260749 米国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Mycobacterium tuberculosis CitA activity is modulated by cysteine oxidation and pyruvate binding.
著者: Pathirage, R. / Favrot, L. / Petit, C. / Yamsek, M. / Singh, S. / Mallareddy, J.R. / Rana, S. / Natarajan, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2023年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: citrate synthase
B: citrate synthase
C: citrate synthase
D: citrate synthase
E: citrate synthase
F: citrate synthase
G: citrate synthase
H: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,31221
ポリマ－328,1578
非ポリマー3,15513
水2,126118
1
A: citrate synthase
B: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7815
ポリマ－82,0392
非ポリマー7413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area29480 Å2
手法PISA
2
C: citrate synthase
D: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9706
ポリマ－82,0392
非ポリマー9314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29070 Å2
手法PISA
3
E: citrate synthase
F: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9706
ポリマ－82,0392
非ポリマー9314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area28770 Å2
手法PISA
4
G: citrate synthase
H: citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5924
ポリマ－82,0392
非ポリマー5522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area29210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.017, 167.486, 220.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
citrate synthase


分子量: 41019.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: citA, SAMEA2683035_02214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045JB88, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物
ChemComp-9JT / N-phenyl-2-selanylbenzamide / ~{N}-phenyl-2-selanyl-benzamide / Ebselen, bound form / 2-(フェニルアミニオカルボニル)フェニルセレニド


分子量: 276.193 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C13H11NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→63.06 Å / Num. obs: 124596 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Rpim(I) all: 0.08717 / Rrim(I) all: 0.2406 / Net I/σ(I): 6.79
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 12322 / CC1/2: 0.476 / CC star: 0.803

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158:000精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→63.06 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1828 1.47 %
Rwork0.2142 --
obs0.2212 124507 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→63.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22391 0 65 118 22574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44731291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6743349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.45891380.44549266X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.850.44081390.37789310X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.950.34571390.33259348X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.050.35791400.2919416X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.170.32751390.27859297X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.320.31511390.29229384X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.490.30321410.29239411X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.710.23011400.21879413X-RAY DIFFRACTION100
3.71-40.2441410.20059437X-RAY DIFFRACTION100
4-4.40.22211410.18359456X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.040.19791410.16589505X-RAY DIFFRACTION100
5.04-6.350.25811420.19079553X-RAY DIFFRACTION100
6.35-63.060.21391480.16689883X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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