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- PDB-8gjz: Structure of a STING receptor from S. pistillata Sp-STING1 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gjz
タイトルStructure of a STING receptor from S. pistillata Sp-STING1 bound to 2'3'-cUA
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / STING / cyclic dinucleotide / innate immunity / cGAS
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2'3'-cUA / Stimulator of interferon genes protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Stylophora pistillata (しょうがさんご)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Li, Y. / Toyoda, H. / Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: cGLRs are a diverse family of pattern recognition receptors in innate immunity.
著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / ...著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3453
ポリマ－43,7102
非ポリマー6351
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.429, 113.429, 259.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein


分子量: 21854.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal Serine residue is from tag, not part of the biological protein sequence.
由来: (組換発現) Stylophora pistillata (しょうがさんご)
遺伝子: Tmem173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2B4SJD2
#2: 化合物 ChemComp-ZNT / 2'3'-cUA / 1-[(2R,5R,7R,8R,10S,12aR,14R,15R,15aS,16R)-14-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,10,15,16-tetrahydroxy-2,10-dioxooctahydro-2H,10H,12H-5,8-methano-2lambda~5~,10lambda~5~-furo[3,2-l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecin-7-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 635.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.4 M NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→49.12 Å / Num. obs: 22222 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 68.92 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.92→3.1 Å / Num. unique obs: 3490 / CC1/2: 0.607

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.92→49.12 Å / SU ML: 0.3828 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6307
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 2000 9.03 %
Rwork0.1957 20142 -
obs0.1977 22142 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2973 0 42 6 3021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00183135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48054249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.74181153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.92-2.990.42631390.35291392X-RAY DIFFRACTION99.03
2.99-3.080.33121390.3211410X-RAY DIFFRACTION99.87
3.08-3.170.28661390.28631403X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.270.29391400.25261401X-RAY DIFFRACTION99.94
3.27-3.390.30431410.24351415X-RAY DIFFRACTION99.81
3.39-3.520.2991370.22341391X-RAY DIFFRACTION99.03
3.52-3.680.20931410.20721424X-RAY DIFFRACTION99.94
3.68-3.870.19441420.18321429X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.120.20221430.16341428X-RAY DIFFRACTION99.81
4.12-4.440.18621420.16471431X-RAY DIFFRACTION99.94
4.44-4.880.18271440.14641459X-RAY DIFFRACTION100
4.88-5.590.16011450.16771458X-RAY DIFFRACTION99.38
5.59-7.030.21711500.20451502X-RAY DIFFRACTION99.94
7.04-49.120.1881580.17751599X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.927591396720.7204452000085.02174206612.52570600786-0.4278406869145.86577241016-0.0321486676369-1.3289286280.6416121251780.2450036029440.3611214312740.272005004862-0.356674169669-0.1629051628910.2409058136660.377827744460.0138020583866-0.02578443537241.21678356083-0.4052114926810.920689649882-28.875935059654.52752123186.23390988437
25.841094917231.396119491645.82192567715.93329666371.340681156985.94632926595-0.763481409380.6585796092971.45789342983-0.7431595902610.007679017694850.269378953161-0.8552338841460.9235428326370.3492741488710.471179824829-0.1479458001580.02024907348170.804285322799-0.0820019662880.703476339058-34.734243758557.2489393268-11.8969215214
34.633880312771.360371077030.3038300752823.62258702639-1.019306075727.15598761655-0.113959613595-0.714440036624-0.302148012938-0.2370072264-0.0377603849835-0.05670721168890.252053037657-0.1544661336440.1608699161340.2721222224140.0073192230370.028870523430.52078644196-0.06978444179530.552120660355-41.183275652445.0568418837-10.3493508038
43.168868286812.08320143468-0.879385150554.42509152988-0.2387291945093.4243787413-0.288153807445-0.85060661729-0.253648292631-0.1043878031860.0319249874744-0.426229760567-0.1629899226120.2821561560810.3242425175520.427318044187-0.01477381109280.1201654911980.812376141618-0.1283063340190.799227945144-39.147444998646.8720379405-12.2805356694
56.98827193121-0.2033072514632.444344474732.43583278306-0.5556478865817.23192080716-0.0804720516008-1.46045663947-0.4486017333790.3366988662130.198753234478-0.3649407454320.08791182205130.0329285463287-0.09338199652010.3497371952150.01029190588370.05294422536461.01661866286-0.08682959704430.815261298339-37.389206046147.10228600564.09615785094
65.76563406031.01487143285-0.9874231209185.85595479873-0.9279601347465.15472607237-0.4876964909870.653228367027-0.1822870868040.06932129759560.3312482854220.662192583289-0.301450451618-0.6371085259580.1274776064980.375063471806-0.05326962564830.1175523003391.08202178597-0.1713196250220.57783505306-52.193277405446.2179660254-4.0357252285
77.662019761651.84722629687-1.046346748323.805717901181.614670893755.75893983563-0.1451649114630.691209067144-0.668183787375-0.2088708032570.0637909598576-0.01733046849460.2768111028380.1109417680580.01952923661640.3380877748480.0535107735813-0.02840728283450.790644889285-0.167630614960.783536001181-12.98536513244.403024438-4.31125059601
88.099601521171.835139476322.425526952161.40815051836-0.3758028047471.58592706534-0.3935872066031.62209678223-0.186733401499-0.1593849336150.2271349417850.0160966864252-0.1631481028720.1918378594820.198631433070.516089819237-0.00812401288966-0.005267779464081.24192588688-0.1713604890810.830744229315-8.9906270781948.3346884256-12.6210377776
98.56746185661-0.0521551225765-0.6244554966055.739474665361.170858456056.4428118281-0.179633085991-0.5386501201660.5879564776370.30837131132-0.02782933180780.268937287008-0.222303865193-0.2897518707360.1803336084860.265867436010.0675140149875-0.0102558949980.880716384056-0.1307207745210.674067795352-17.108565670752.74150590997.66409581503
107.158053478562.54445152495-1.439045639332.75009683017-1.084604368156.56648865272-0.2694514488961.02841605353-0.0919422068269-0.2339883576160.3291161478910.179823747363-0.4641757971730.575567293874-0.05728996449460.3611629617180.02971421957-0.1381728837761.15282213708-0.08365016544490.69450627183-1.2705570540551.7030019453-1.78267072982
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 180 through 193 )AA180 - 1931 - 14
22chain 'A' and (resid 194 through 208 )AA194 - 20815 - 29
33chain 'A' and (resid 209 through 253 )AA209 - 25330 - 74
44chain 'A' and (resid 254 through 278 )AA254 - 27875 - 99
55chain 'A' and (resid 279 through 346 )AA279 - 346100 - 167
66chain 'A' and (resid 347 through 360 )AA347 - 360168 - 181
77chain 'B' and (resid 180 through 235 )BB180 - 2351 - 56
88chain 'B' and (resid 236 through 289 )BB236 - 28957 - 110
99chain 'B' and (resid 290 through 335 )BB290 - 335111 - 156
1010chain 'B' and (resid 336 through 361 )BB336 - 361157 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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