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- PDB-8efn: Structure of Sp-STING3 from Stylophora pistillata coral in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8efn | ||||||
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Title | Structure of Sp-STING3 from Stylophora pistillata coral in complex with 3',3'-cGAMP | ||||||
![]() | Stimulator of interferon genes protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / immune receptor / cGAS-STING / coral / innate immunity | ||||||
Function / homology | Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / nucleotide binding / membrane / Chem-4BW / Stimulator of interferon genes protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y. / Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Mears, K. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: cGLRs are a diverse family of pattern recognition receptors in innate immunity. Authors: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / ...Authors: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 196.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 130 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8efmSC ![]() 8gjwC ![]() 8gjxC ![]() 8gjyC ![]() 8gjzC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21387.605 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-4BW / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 19% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.4, 250 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→38.84 Å / Num. obs: 38535 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.76 Å / Redundancy: 3.6 % / Num. unique obs: 38535 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 98.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8EFM Resolution: 1.73→38.84 Å / SU ML: 0.1564 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.2416 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→38.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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