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- PDB-8efn: Structure of Sp-STING3 from Stylophora pistillata coral in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8efn
タイトルStructure of Sp-STING3 from Stylophora pistillata coral in complex with 3',3'-cGAMP
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune receptor / cGAS-STING / coral / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


3',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-AMP binding / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome ...3',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-AMP binding / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BW / Stimulator of interferon genes protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stylophora pistillata (しょうがさんご)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Li, Y. / Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Mears, K. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: cGLRs are a diverse family of pattern recognition receptors in innate immunity.
著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / ...著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
D: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6987
ポリマ－42,7752
非ポリマー9235
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.469, 82.702, 84.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein


分子量: 21387.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stylophora pistillata (しょうがさんご)
遺伝子: Tmem173, AWC38_SpisGene6026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2B4SES9
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] / cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.4, 250 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→38.84 Å / Num. obs: 38535 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique obs: 38535 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EFM

8efm


解像度: 1.73→38.84 Å / SU ML: 0.1564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.2416
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1951 2005 5.21 %
Rwork0.1709 36469 -
obs0.1721 38474 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→38.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 61 223 3136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00353026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72844096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.83361116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.770.29491440.27272546X-RAY DIFFRACTION98.53
1.77-1.820.24191310.22722553X-RAY DIFFRACTION99.85
1.82-1.870.23541430.1992577X-RAY DIFFRACTION99.93
1.87-1.940.20631460.17212557X-RAY DIFFRACTION100
1.94-20.211350.18062578X-RAY DIFFRACTION100
2-2.080.19761480.17382580X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.180.20941390.16522583X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.290.18621440.15812574X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.440.18561430.16592613X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.630.19021460.17142604X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.890.20811450.16982610X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.310.21021450.16882641X-RAY DIFFRACTION100
3.31-4.170.1781430.15122664X-RAY DIFFRACTION100
4.17-38.840.16411530.16542789X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.491534228021.40697833522-0.9025232680583.22609166737-0.3280594990341.55232763544-0.0678412104972-0.10596679967-0.1965200963640.259475325674-0.0713424964014-0.02977241904920.117466745507-0.07777484717110.1002915523160.1107675470840.001738262894560.02152117748420.09225176724730.003193258943560.097666379603515.756399362956.994005874234.0912888372
20.4399179203810.3361243984420.003099629695822.949732204031.324193895480.6261884590990.02003706403440.06256148428820.01881162636090.014375953248-0.1765330551110.30040904874-0.0175567186452-0.1185716673320.1809970788290.1125326219320.004684883424240.01571998344930.1485248656430.006747061208680.1368479666649.5614098458559.058657836226.0243529061
31.048443203020.184015315764-0.05576566854481.544238563070.6023131364391.47461690815-0.0573620460510.0925872879268-0.155532220379-0.36191069561-0.2233116866590.149007104929-0.0357847274419-0.1070485022920.1060261759030.1636500333950.01983083927650.009294930115360.106522390432-0.03814712895740.1673920025811.202046053157.856991684521.7944883089
42.143344570151.29832323738-0.7340189886653.344916323850.306438788441.66050685349-0.05309007830170.0709597864621-0.216149013768-0.04559307990250.043902824688-0.20397380812-0.0591011142482-0.01271461435490.01024981233810.1026784287090.04951843304810.02306843034530.114182446688-0.008641604582860.16437124491421.092895771251.995937235221.6706083102
52.63253853073-1.47054699708-0.7597915551693.062180969370.9947883204911.972608278790.0514499266418-0.07562954790990.11416340509-0.205136507111-0.03162826966190.189630464613-0.113962800732-0.2909889948040.01590427997150.08231899330120.0119538581216-0.02197916121620.1578865241440.0107610481250.09755736371959.8775318337780.863344582225.3038601205
60.7505918273570.107317459007-0.01929034368552.40272693491.062907826761.093429147980.0402979609978-0.09860500745190.008565545155930.248089983077-0.1113597853140.160625212170.0479362138396-0.04957784281730.07887290028270.09807635631140.01555882919220.005380978354850.1070405831310.01518153685860.073897210702513.893741896778.781837825334.2359534674
72.29131561979-0.544710280854-0.1027174521752.034476096330.03346364143231.778211636090.126895956895-0.03733231220480.1194764158580.130034612314-0.079443211259-0.275921470294-0.01833090150970.0597819865187-0.0686461675210.107051629281-0.0399465835895-0.0236928629530.08092628772890.009128819922410.11802257786422.958967049279.743422926734.1077991255
81.65578745647-0.0867666067946-0.3722850957852.384892256590.9672598822021.88895877399-0.003997403842770.0220283936680.0887597865624-0.2010215179470.0941716748823-0.122462709715-0.1710401358730.0583049164712-0.08305151887250.145274861359-0.03418252676270.01997659787480.1111471771990.04657490371630.097411842649823.429955726185.64844663625.2317699086
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 170 through 209 )AA170 - 2091 - 40
22chain 'A' and (resid 210 through 249 )AA210 - 24941 - 80
33chain 'A' and (resid 250 through 292 )AA250 - 29281 - 123
44chain 'A' and (resid 293 through 344 )AA293 - 344124 - 175
55chain 'D' and (resid 170 through 209 )DD170 - 2091 - 40
66chain 'D' and (resid 210 through 260 )DD210 - 26041 - 91
77chain 'D' and (resid 261 through 292 )DD261 - 29292 - 123
88chain 'D' and (resid 293 through 344 )DD293 - 344124 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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