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- PDB-8gjw: Structure of a cGAS-like receptor Cv-cGLR1 from C. virginica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gjw
タイトルStructure of a cGAS-like receptor Cv-cGLR1 from C. virginica
要素cGAS-like receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / pattern recognition receptor / cGAS / innate immunity / cGAS-like receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / double-stranded DNA binding / innate immune response / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / zinc finger / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic GMP-AMP synthase-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Crassostrea virginica (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Li, Y. / Morehouse, B.R. / Slavik, K.M. / Liu, J. / Toyoda, H. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: cGLRs are a diverse family of pattern recognition receptors in innate immunity.
著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / ...著者: Li, Y. / Slavik, K.M. / Toyoda, H.C. / Morehouse, B.R. / de Oliveira Mann, C.C. / Elek, A. / Levy, S. / Wang, Z. / Mears, K.S. / Liu, J. / Kashin, D. / Guo, X. / Mass, T. / Sebe-Pedros, A. / Schwede, F. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGAS-like receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7882
ポリマ－41,6921
非ポリマー961
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.602, 68.602, 325.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 cGAS-like receptor 1


分子量: 41692.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crassostrea virginica (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B8BQ58
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M TRIS pH8.5, 20% w/v PEG4000, 0.2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→46.55 Å / Num. obs: 35645 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Num. unique obs: 2316 / CC1/2: 0.911

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→43.91 Å / SU ML: 0.3314 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.6022
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 1985 5.63 %
Rwork0.2275 33280 -
obs0.2287 35265 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→43.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2857 0 5 54 2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00992930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99853939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.24961130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.53211360.532274X-RAY DIFFRACTION98.09
1.98-2.030.47311380.432291X-RAY DIFFRACTION98.66
2.03-2.090.37561360.34792313X-RAY DIFFRACTION98.75
2.09-2.160.37351370.29472295X-RAY DIFFRACTION98.26
2.16-2.240.31781370.26272302X-RAY DIFFRACTION98.67
2.24-2.330.34131380.25132328X-RAY DIFFRACTION98.88
2.33-2.430.28591410.25132340X-RAY DIFFRACTION99.44
2.43-2.560.32991400.26572353X-RAY DIFFRACTION99.36
2.56-2.720.31331420.27672363X-RAY DIFFRACTION99.68
2.72-2.930.33531420.26642387X-RAY DIFFRACTION99.96
2.93-3.230.31731440.25282415X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.690.25461460.22972444X-RAY DIFFRACTION99.96
3.69-4.650.21371480.18672481X-RAY DIFFRACTION99.96
4.65-43.910.17271600.19372694X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33101453424-1.58647898661-1.189470414483.548043237631.313589889557.860605213260.1231984042440.172652796593-0.547241559753-1.04637089153-0.2810691347460.932457504235-1.04140267309-0.816840511801-0.01942943136921.084492241760.0265990245674-0.07302047517511.02748310721-0.0126185492130.564705585337-16.6973122015-17.4954436445-25.7166725007
24.0361636134-1.688168084010.2213534002282.63785342322-0.07938722046154.92284920018-0.132257386388-0.4843352504840.1436772246260.1468672521760.192708082458-0.172517855789-0.4355809254010.27913944233-0.06871081362750.559188513514-0.04484851654340.07197108019280.589532942779-0.09193420985080.417159226801-7.89761637297-16.758744068.04845455351
39.339778024141.218042934162.574221417643.24489599170.6013253482297.45641313173-0.0850028352067-0.0257963480467-0.07558560599540.1428666213670.2251420263020.537412213993-0.318402240399-0.885491072657-0.0805988606170.4442438597240.02193766009530.07135238089590.5582261565150.003682362898670.403009806624-20.204704596-17.19867719982.60239393917
44.56899160855-2.36344048949-0.01876496545774.1971623948-2.129359995786.57916245715-0.309612428433-0.2524745390160.1011010759220.1891843965890.313126218127-0.359265091891-0.087777294790.827269376102-0.02085349786430.433462241796-0.07764364538070.05150044471080.700015671491-0.1334544658340.4051782060013.60686205108-20.4123727518-0.78510547029
56.08924318755-1.029256724651.355697937764.865490324611.821257055697.25249683037-0.2798814707230.9602136875820.151814541027-0.5972800137310.416184425786-0.204851653091-0.981185722991-0.27265139477-0.1070778736640.530023131092-0.0347310967960.08889085193210.592144319943-0.0172261052070.292318143319-6.9988288958-18.227974089-19.0868921273
63.69496370479-0.681085651220.5118913721493.31020994564-0.5998698773755.67321689238-0.06604338899190.365587046246-0.522386953208-0.3032959331620.08119440270320.004977176400560.3463420286710.0985595525790.009751711260150.440794689669-0.03149885083360.1023761230040.519037413995-0.1047841819580.39707037546-3.16772377547-28.7452938016-18.2406293065
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 288 through 307 )288 - 3071 - 20
22chain 'A' and (resid 308 through 416 )308 - 41621 - 129
33chain 'A' and (resid 417 through 462 )417 - 462130 - 175
44chain 'A' and (resid 463 through 520 )463 - 520176 - 233
55chain 'A' and (resid 521 through 547 )521 - 547234 - 260
66chain 'A' and (resid 548 through 633 )548 - 633261 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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