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- PDB-8gch: GAMMA-CHYMOTRYPSIN IS A COMPLEX OF ALPHA-CHYMOTRYPSIN WITH ITS OW... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gch
タイトルGAMMA-CHYMOTRYPSIN IS A COMPLEX OF ALPHA-CHYMOTRYPSIN WITH ITS OWN AUTOLYSIS PRODUCTS
要素
  • (GAMMA-CHYMOTRYPSIN ...) x 3
  • GLY ALA TRP PEPTIDE
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Harel, M. / Sussman, J.L. / Silman, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Gamma-chymotrypsin is a complex of alpha-chymotrypsin with its own autolysis products.
著者: Harel, M. / Su, C.T. / Frolow, F. / Silman, I. / Sussman, J.L.
履歴
登録1991年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01992年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
C: GLY ALA TRP PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9798
ポリマ－25,5954
非ポリマー3844
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
2
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
C: GLY ALA TRP PEPTIDE
ヘテロ分子

E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
C: GLY ALA TRP PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,95816
ポリマ－51,1908
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area19040 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
3
E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A

E: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A

F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
C: GLY ALA TRP PEPTIDE
ヘテロ分子

F: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
G: GAMMA-CHYMOTRYPSIN A
C: GLY ALA TRP PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,95816
ポリマ－51,1908
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17370 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.000, 69.000, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Atom site foot note1: SEE REMARK 6.

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要素

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GAMMA-CHYMOTRYPSIN ... , 3種, 3分子 EFG

#1: タンパク質・ペプチド GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 13934.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質 GAMMA-CHYMOTRYPSIN A


分子量: 10074.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#4: タンパク質・ペプチド GLY ALA TRP PEPTIDE


分子量: 332.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

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非ポリマー , 2種, 350分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細REPRESENTED BY CHAINS E, F AND G, THE GAMMA CHYMOTRYPSIN MOLECULE IS COMPRISED OF THREE POLYPEPTIDE ...REPRESENTED BY CHAINS E, F AND G, THE GAMMA CHYMOTRYPSIN MOLECULE IS COMPRISED OF THREE POLYPEPTIDE CHAINS WHICH ARE DERIVED FROM THE ZYMOGEN OF THIS ENZYME BY EXCISION OF RESIDUES 14-15 AND 147-148. RESIDUES 11 THROUGH 13 AND 149 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP AND SO ARE OMITTED. AN ELECTRON DENSITY PEAK IS SEEN ABOUT 1.4 ANGSTROMS FROM THE CARBONYL C ATOM OF RESIDUE LEU 10. THIS PEAK CAN BE ATTRIBUTED EITHER TO A TERMINAL OXYGEN OF A PLANAR CARBONYL GROUP, INDICATING CLEAVAGE OF RESIDUES 11 - 13, OR TO THE N ATOM OF THE FOLLOWING DISORDERED RESIDUE (SER 11). IN THIS ENTRY THE ATOM WAS DENOTED AS OXT LEU 10
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: unknown / 詳細: Cohen, G.H., (1981) J. Mol. Biol., 148, 449.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112.5 mg/mlprotein11
250 %satammonium sulfate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 29204 / Num. measured all: 33900 / Rmerge(I) obs: 0.024

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解析

精密化最高解像度: 1.6 Å
詳細: 8GCH RESIDUES GLY 250, ALA 251, AND TRP 252 FORM THE TRIPEPTIDE 8GCH SEEN IN THE ACTIVE SITE. THE TRIPEPTIDE SEQUENCE IS 8GCH DERIVED FROM THE DENSITY SEEN IN THE MAP AND IS REALLY 8GCH THE ...詳細: 8GCH RESIDUES GLY 250, ALA 251, AND TRP 252 FORM THE TRIPEPTIDE 8GCH SEEN IN THE ACTIVE SITE. THE TRIPEPTIDE SEQUENCE IS 8GCH DERIVED FROM THE DENSITY SEEN IN THE MAP AND IS REALLY 8GCH THE RESULT OF AN OVERLAP OF DIFFERENT AUTOLYSED 8GCH POLYPEPTIDES BOUND THERE. 8GCH
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 20 346 2131
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(I): 1 / Num. reflection obs: 25266 / Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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