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万見
- PDB-8g9v: Crystal structures of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g9v
タイトルCrystal structures of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
要素17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 / lipid droplet associated protein / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipid particle organization / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / steroid dehydrogenase activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / positive regulation of lipid biosynthetic process / lipid droplet ...Lipid particle organization / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / steroid dehydrogenase activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / positive regulation of lipid biosynthetic process / lipid droplet / lipid metabolic process / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-YYC / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Liu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of lipid-droplet localization of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13.
著者: Liu, S. / Sommese, R.F. / Nedoma, N.L. / Stevens, L.M. / Dutra, J.K. / Zhang, L. / Edmonds, D.J. / Wang, Y. / Garnsey, M. / Clasquin, M.F.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
B: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
C: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
D: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
E: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
F: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
G: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
H: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,79145
ポリマ－284,0198
非ポリマー12,77237
水41423
1
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
B: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,17411
ポリマ－71,0052
非ポリマー3,1699
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10480 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
2
C: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
D: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,71212
ポリマ－71,0052
非ポリマー3,70810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
3
E: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
F: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,17411
ポリマ－71,0052
非ポリマー3,1699
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
4
G: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
H: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,73111
ポリマ－71,0052
非ポリマー2,7269
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.150, 161.560, 100.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 / 17-beta-HSD 13 / Short chain dehydrogenase/reductase family 16C member 3 / Short-chain ...17-beta-HSD 13 / Short chain dehydrogenase/reductase family 16C member 3 / Short-chain dehydrogenase/reductase 9


分子量: 35502.348 Da / 分子数: 8 / 変異: Q60K, I62R, R71H, E161K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HSD17B13, SCDR9, SDR16C3, HMFN0376, UNQ497/PRO1014
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7Z5P4, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く

-
非ポリマー , 5種, 60分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-YYC / 4-{[2,5-dimethyl-3-(4-methylbenzene-1-sulfonyl)benzene-1-sulfonyl]amino}benzoic acid


分子量: 459.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21NO6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CE1 / O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / THESIT / オクタエチレングリコ-ルモノドデシルエ-テル


分子量: 538.755 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O9
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→90.95 Å / Num. obs: 67940 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.645→2.897 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3398 / CC1/2: 0.462 / Rpim(I) all: 0.589

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.645→37.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.349
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 3399 5.01 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2136 67909 76.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6003 Å20 Å21.2256 Å2
2---0.6366 Å20 Å2
3---1.2369 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.645→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17326 0 777 23 18126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00818718HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9825643HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6485SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18450HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2495SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14320SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.8 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3382 -3.9 %
Rwork0.2909 1306 -
all0.2928 1359 -
obs--9.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31840.1021-0.23240.57320.17721.2035-0.0186-0.0123-0.0541-0.0178-0.004-0.01640.15580.1880.0226-0.02480.0770.0011-0.008-0.0135-0.027228.82733.36577.1931
20.1250.06840.12490.5779-0.26150.44860.0285-0.02620.07760.0493-0.02590.1627-0.01060.0783-0.00260.02270.00920.0247-0.0486-0.06620.021315.345222.150620.0943
30.8983-0.24750.16760.8108-0.31370.18440.14040.0888-0.1332-0.2018-0.05730.06490.06470.0505-0.08310.03610.0804-0.0813-0.0628-0.0475-0.0026-7.577722.0776-19.7755
41.7021-0.2037-0.24750.3574-0.0270.25580.0941-0.10150.0549-0.05820.04720.0318-0.0392-0.0543-0.1413-0.05210.02410.0015-0.05190.04820.0499-24.91238.1773-6.5466
50.749-0.05590.41260.0406-0.15870.44060.0350.29830.13370.0099-0.20290.00250.080.18270.1678-0.12460.02220.06190.05290.15450.039223.451661.2965-32.8956
60.8899-0.12620.47370.3983-0.38990.745-0.0021-0.00040.22340.0814-0.1035-0.10440.03150.00230.1056-0.0830.01670.0272-0.08450.02540.122326.441853.6557-5.2835
70.81070.45040.0160.01920.55321.93240.1533-0.09070.04680.1295-0.046-0.01990.38180.4166-0.10730.08710.0453-0.00630.0471-0.0223-0.167637.0617-5.7449-41.0106
80.64920.48320.1870.14420.50030.93180.1878-0.12890.20650.0691-0.31140.13520.3134-0.13870.12360.0848-0.14160.1015-0.027-0.1248-0.11319.1899-12.6256-44.1035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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