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万見
- PDB-8g93: Crystal structures of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g93
タイトルCrystal structures of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13
要素Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 / lipid droplet associated protein / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-YXW / Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Liu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of lipid-droplet localization of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13.
著者: Liu, S. / Sommese, R.F. / Nedoma, N.L. / Stevens, L.M. / Dutra, J.K. / Zhang, L. / Edmonds, D.J. / Wang, Y. / Garnsey, M. / Clasquin, M.F.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13
B: Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8106
ポリマ－70,7002
非ポリマー2,1104
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, A, B
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.730, 186.320, 65.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13 / Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 11


分子量: 35350.141 Da / 分子数: 2 / 変異: G177E, V178G, T205A, I293V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSD17B13 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A8C0PP93
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-YXW / 3-fluoro-N-({(1r,4r)-4-[(2-fluorophenoxy)methyl]-1-hydroxycyclohexyl}methyl)-4-hydroxybenzamide


分子量: 391.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23F2NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG3350, 0.2 M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→93.16 Å / Num. obs: 36866 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.93→2.21 Å / Num. unique obs: 1835 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.404

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.91→21.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU R Cruickshank DPI: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.222 / SU Rfree Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1875 5.12 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.201 36628 50 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4834 Å20 Å20 Å2
2--2.0944 Å20 Å2
3----6.5778 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.91→21.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 144 73 4359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014428HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.16066HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1521SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes789HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4428HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion599SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5013SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.91→2.11 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 -4.5 %
Rwork0.2231 700 -
all0.2238 733 -
obs--3.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49480.0289-0.10530.92650.01652.8393-0.01530.0914-0.1510.02530.0009-0.05410.3780.14480.0143-0.00050.0286-0.0075-0.0963-0.0373-0.184636.539430.008360.9541
21.4002-0.3574-0.12470.77080.3283.4595-0.0209-0.0957-0.19360.0933-0.04040.08460.4366-0.41390.0612-0.032-0.0650.0186-0.1048-0.0118-0.213218.245230.254184.8685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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