PDB-8g84: Crystal structures of HSD17B13 complexes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g84

タイトル

Crystal structures of HSD17B13 complexes

要素

Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 / lipid droplet associated protein / inhibitor

機能・相同性

short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13

機能・相同性情報

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.467 Å

データ登録者

Liu, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of lipid-droplet localization of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13.
著者: Liu, S. / Sommese, R.F. / Nedoma, N.L. / Stevens, L.M. / Dutra, J.K. / Zhang, L. / Edmonds, D.J. / Wang, Y. / Garnsey, M. / Clasquin, M.F.

履歴

登録	2023年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g84.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g84.ent.gz	199.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8g89C 8g93C 8g9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13

B: Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13

ヘテロ分子

72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.379, 187.205, 65.365
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13 / Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 11 分子量: 35364.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSD17B13 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A8C0PP93
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG3350, 0.2 M ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.467→93.6 Å / Num. obs: 29109 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.467→2.64 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 1456 / CC_1/2: 0.581 / R_pim(I) all: 0.579 / % possible all: 50.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.8 (8-JUN-2022)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.467→24.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.379 / SU R_free Blow DPI: 0.241 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.244

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	1447	-	RANDOM
R_work	0.1997	-	-	-
obs	0.2011	29060	84.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6476 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0014 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6462 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.467→24.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4678	0	88	136	4902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	4874	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.89	6636	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1686	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		800	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4874	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		676	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3779	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.05
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.44

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.58 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	30	-
R_work	0.2647	-	-
obs	0.2694	582	13.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6239	-0.0676	-0.0708	0.5038	0.0533	2.0615	-0.0533	0.4909	0.3239	0.4909	0.1066	0.2534	0.3239	0.2534	-0.0533	0.5672	0.1242	-0.1308	0.6542	0.0264	0.034	34.8032	30.071	61.1144
2	0.5593	-0.2965	0.3432	0.2737	-0.0864	2.2728	-0.348	0.425	0.2921	0.425	0.3365	-0.6056	0.2921	-0.6056	0.0116	0.867	0.3603	0.1949	1.1757	0.1507	0.1576	15.7638	29.7794	84.5116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|298 A\|400 - A\|400 }	A	2 - 298
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|298 A\|400 - A\|400 }	A	400
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|2 - B\|298 B\|400 - B\|400 }	B	2 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|2 - B\|298 B\|400 - B\|400 }	B	400

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)