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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g89 | ||||||
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タイトル | HSD17B13 in complex with cofactor and inhibitor | ||||||
要素 | Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13 / lipid droplet associated protein / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-YXW / Hydroxysteroid 17-beta dehydrogenase 13 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.222 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of lipid-droplet localization of 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 13. 著者: Liu, S. / Sommese, R.F. / Nedoma, N.L. / Stevens, L.M. / Dutra, J.K. / Zhang, L. / Edmonds, D.J. / Wang, Y. / Garnsey, M. / Clasquin, M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g89.cif.gz | 245.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g89.ent.gz | 200.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g89_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8g89_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8g89_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g89_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/8g89 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g84SC 8g93C 8g9vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35364.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSD17B13 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A8C0PP93 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-YXW / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG3350, 0.2 M ammonium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→71.19 Å / Num. obs: 32599 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.47 Å / Num. unique obs: 1631 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.57 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 8G84 解像度: 2.222→23.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
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原子変位パラメータ | Biso mean: 65.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.222→23.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.222→2.39 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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