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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g6o | ||||||||||||||||||
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タイトル | HIV-1 capsid lattice bound to IP6 and Lenacapavir | ||||||||||||||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / HIV-1 / capsid (カプシド) / lattice / virus (ウイルス) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Highland, C.M. / Dick, R.A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structural insights into HIV-1 polyanion-dependent capsid lattice formation revealed by single particle cryo-EM. 著者: Carolyn M Highland / Aaron Tan / Clifton L Ricaña / John A G Briggs / Robert A Dick / 要旨: The HIV-1 capsid houses the viral genome and interacts extensively with host cell proteins throughout the viral life cycle. It is composed of capsid protein (CA), which assembles into a conical ...The HIV-1 capsid houses the viral genome and interacts extensively with host cell proteins throughout the viral life cycle. It is composed of capsid protein (CA), which assembles into a conical fullerene lattice composed of roughly 200 CA hexamers and 12 CA pentamers. Previous structural analyses of individual CA hexamers and pentamers have provided valuable insight into capsid structure and function, but detailed structural information about these assemblies in the broader context of the capsid lattice is lacking. In this study, we combined cryoelectron tomography and single particle analysis (SPA) cryoelectron microscopy to determine structures of continuous regions of the capsid lattice containing both hexamers and pentamers. We also developed a method of liposome scaffold-based in vitro lattice assembly ("lattice templating") that enabled us to directly study the lattice under a wider range of conditions than has previously been possible. Using this approach, we identified a critical role for inositol hexakisphosphate in pentamer formation and determined the structure of the CA lattice bound to the capsid-targeting antiretroviral drug GS-6207 (lenacapavir). Our work reveals key structural details of the mature HIV-1 CA lattice and establishes the combination of lattice templating and SPA as a robust strategy for studying retroviral capsid structure and capsid interactions with host proteins and antiviral compounds. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g6o.cif.gz | 306.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g6o.ent.gz | 256.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/8g6o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 29776MC 8g6kC 8g6lC 8g6mC 8g6nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 5
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26590.506 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HIV-1 CA lattice bound to IP6 and Lenacapavir / タイプ: COMPLEX 詳細: Highly-curved HIV-1 capsid (CA) lattice assembled on small unilamellar vesicles with inositol hexakisphosphate (IP6) and Lenacapavir at pH 7.4 Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 267942 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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