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万見
- PDB-8g33: Activated form of a CDCL long protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g33
タイトルActivated form of a CDCL long protein
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / Pore-forming toxin / cholesterol-dependent cytolysin like / Elizabethkingia anophelis
機能・相同性Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / cholesterol binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Hemolysin
機能・相同性情報
生物種Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Johnstone, B.A. / Christie, M.P. / Morton, C.J. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP200102871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101874 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the pore-forming activity of a complement-like toxin.
著者: Bronte A Johnstone / Michelle P Christie / Riya Joseph / Craig J Morton / Hamish G Brown / Eric Hanssen / Tristan C Sanford / Hunter L Abrahamsen / Rodney K Tweten / Michael W Parker /
要旨: Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, ...Pore-forming proteins comprise a highly diverse group of proteins exemplified by the membrane attack complex/perforin (MACPF), cholesterol-dependent cytolysin (CDC), and gasdermin superfamilies, which all form gigantic pores (>150 angstroms). A recently found family of pore-forming toxins, called CDC-like proteins (CDCLs), are wide-spread in gut microbes and are a prevalent means of antibacterial antagonism. However, the structural aspects of how CDCLs assemble a pore remain a mystery. Here, we report the crystal structure of a proteolytically activated CDCL and cryo-electron microscopy structures of a prepore-like intermediate and a transmembrane pore providing detailed snapshots across the entire pore-forming pathway. These studies reveal a sophisticated array of regulatory features to ensure productive pore formation, and, thus, CDCLs straddle the MACPF, CDC, and gasdermin lineages of the giant pore superfamilies.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9061
ポリマ－55,9061
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.725, 24.451, 300.191
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin / Thiol-activated cytolysin


分子量: 55906.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis Ag1 (バクテリア)
遺伝子: ply_2, AYC66_13765, BAY09_14710, NCTC10586_03727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1T3IZT7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium Acetate Hydrate, 0.1 M Sodium Cacodylate:HCl pH 6.5, 40% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95364 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→44.22 Å / Num. obs: 16351 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 36.31 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.557 / Rpim(I) all: 0.496 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→44.22 Å / SU ML: 0.3272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 816 4.99 %
Rwork0.2075 15529 -
obs0.2096 16345 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3492 0 0 45 3537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46994825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.65731330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.650.32891230.25422450X-RAY DIFFRACTION96.22
2.65-2.850.32671310.26012544X-RAY DIFFRACTION99.85
2.85-3.140.29761450.24862594X-RAY DIFFRACTION99.89
3.14-3.590.2881170.21172610X-RAY DIFFRACTION99.82
3.59-4.520.19411270.17692606X-RAY DIFFRACTION99.6
4.52-44.220.21381730.1862725X-RAY DIFFRACTION99.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88958384886-0.0387788530196-0.7231823554661.340586520390.4347295184091.503727775210.07921258381090.0001144212141-0.1132160641890.0503319941949-0.04415462642790.01194895774670.0740693349574-0.199058036436-0.04096900036080.285024045837-0.0273201664067-0.07404932685310.1176071814530.01702171227070.199334148226-21.84365620086.26628373111-53.4509145516
21.69903376867-0.78385975931-1.747506182850.3707117504911.211423780621.96756694650.06143208878070.219988269384-0.0405776064614-0.0432846068203-0.1026198445580.113018647517-0.0474897477608-0.4049551911110.02890002998590.297281441475-0.0443989591979-0.05559422465890.2297779774090.02438719806170.318469584322-32.177124988310.3099161592-47.388692367
33.9154927199-0.449942036078-1.674828927511.579050755711.328002177524.42974697035-0.01925172489450.06141149740490.09440662349150.0756087683230.001907597540750.1203654923340.0705744855248-0.2327574085220.03113968205620.266006818888-0.000871981378223-0.03496666024030.1491094071060.03194023779950.220320961295-45.99772185715.3305404075-0.654974223193
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 77 through 284 )77 - 2841 - 204
22chain 'A' and (resid 285 through 378 )285 - 378205 - 298
33chain 'A' and (resid 379 through 516 )379 - 516299 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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