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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g1h | |||||||||
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タイトル | Ancestral protein AncTh of Phosphomethylpirimidine kinases family | |||||||||
![]() | Phosphomethylpyrimidine Kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Ancestral protein reconstruction / 5-phosphohydroxymethyl-2-methylpirimidine kinase / phosphomethylpirimidine kinases family / enzyme evolution | |||||||||
機能・相同性 | PHOSPHATE ION![]() | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Perez, M. / Munoz, S. / Cea, P. / Castro-Fernandez, V. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ancestral protein AncTh of Phosphomethylpyrimidine kinases 著者: Perez, M. / Munoz, S. / Cea, P. / Castro-Fernandez, V. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ub0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26798.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein conditions: Protein 26 mg/ml, Tris-HCl 25 mM, NaCl 0.3 M, b-Mercaptoethanol 5 mM, ATP 1 mM, MgCl2 5 mM. Reservoir condition: Ethylene glycols 0.12 M (0.3M Diethylene glycol; 0.3M ...詳細: Protein conditions: Protein 26 mg/ml, Tris-HCl 25 mM, NaCl 0.3 M, b-Mercaptoethanol 5 mM, ATP 1 mM, MgCl2 5 mM. Reservoir condition: Ethylene glycols 0.12 M (0.3M Diethylene glycol; 0.3M Triethylene glycol; 0.3M Tetraethylene glycol; 0.3M Pentaethylene glycol), Sodium HEPES/ MOPS pH 7.5, 37.5% precipitants (MPD, PEG 1000, PEG 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Monochromator - water- cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→44.01 Å / Num. obs: 8030 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 34.1 % / Biso Wilson estimate: 54.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1926 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.1956 / Net I/av σ(I): 21.62 / Net I/σ(I): 21.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.797 Å / Rmerge(I) obs: 1.275 / Mean I/σ(I) obs: 4.05 / Num. unique obs: 753 / CC1/2: 0.94 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.2123 / Rrim(I) all: 1.293 / % possible all: 99.87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1UB0 解像度: 2.7→44.01 Å / SU ML: 0.3315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.025 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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