[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7r8y: Ancestral protein AncThEn of Phosphomethylpyrimidine kinases family -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r8y | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Ancestral protein AncThEn of Phosphomethylpyrimidine kinases family | ||||||||||||
Components | Phosphomethylpyrimidine Kinase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / ancestral protein reconstruction / 5-Phosphohydroxymethyl-2-methylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinases family / enzyme evolution | ||||||||||||
Function / homology | 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||||||||
Authors | Munoz, S. / Maturana, P. / Gonzalez-Ordenes, F. / Cea, P. / Castro-Fernandez, V. | ||||||||||||
Funding support | Chile, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Ancestral protein AncThEn of Phosphomethylpyrimidine Kinases family Authors: Munoz, S. / Maturana, P. / Gonzalez-Ordenes, F. / Cea, P. / Castro-Fernandez, V. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r8y.cif.gz | 194.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7r8y.ent.gz | 138.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r8y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7r8y_validation.pdf.gz | 453.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7r8y_full_validation.pdf.gz | 459.3 KB | Display | |
Data in XML | 7r8y_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7r8y_validation.cif.gz | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/7r8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/7r8y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7r8zC 1jxhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 30406.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: phosphooxymethylpyrimidine kinase #2: Chemical | ChemComp-HMH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.48 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Protein condition: Protein 20 mg/mL, HMP 1 mM, ADP 1 mM, HEPES 50 mM pH 8.0, NaCl 150 mM and 2-mercaptoethanol 5 mM Reservoir condition: 2-Propanol 14% v/v, Calcium chloride dihydrate 0.14 ...Details: Protein condition: Protein 20 mg/mL, HMP 1 mM, ADP 1 mM, HEPES 50 mM pH 8.0, NaCl 150 mM and 2-mercaptoethanol 5 mM Reservoir condition: 2-Propanol 14% v/v, Calcium chloride dihydrate 0.14 M, Sodium acetate 0.07 M, Glycerol 30% v/v. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.45867 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 5, 2019 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator - Water-cooled Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.45867 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→45.96 Å / Num. obs: 12568 / % possible obs: 99.83 % / Redundancy: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 82.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.41 / Rpim(I) all: 0.08148 / Rrim(I) all: 0.4181 / Net I/σ(I): 10.88 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.314 Å / Redundancy: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 3.331 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1223 / CC1/2: 0.544 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.6455 / Rrim(I) all: 3.394 / % possible all: 99.92 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1JXH Resolution: 3.2→45.96 Å / SU ML: 0.4556 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.7106 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→45.96 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|