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- PDB-7r8y: Ancestral protein AncThEn of Phosphomethylpyrimidine kinases family -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r8y | ||||||||||||
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Title | Ancestral protein AncThEn of Phosphomethylpyrimidine kinases family | ||||||||||||
![]() | Phosphomethylpyrimidine Kinase![]() | ||||||||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||||||||
Function / homology | ![]() ![]() | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Munoz, S. / Maturana, P. / Gonzalez-Ordenes, F. / Cea, P. / Castro-Fernandez, V. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Ancestral protein AncThEn of Phosphomethylpyrimidine Kinases family Authors: Munoz, S. / Maturana, P. / Gonzalez-Ordenes, F. / Cea, P. / Castro-Fernandez, V. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 195.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1jxhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 30406.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HMH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.48 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Protein condition: Protein 20 mg/mL, HMP 1 mM, ADP 1 mM, HEPES 50 mM pH 8.0, NaCl 150 mM and 2-mercaptoethanol 5 mM Reservoir condition: 2-Propanol 14% v/v, Calcium chloride dihydrate 0.14 ...Details: Protein condition: Protein 20 mg/mL, HMP 1 mM, ADP 1 mM, HEPES 50 mM pH 8.0, NaCl 150 mM and 2-mercaptoethanol 5 mM Reservoir condition: 2-Propanol 14% v/v, Calcium chloride dihydrate 0.14 M, Sodium acetate 0.07 M, Glycerol 30% v/v. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 5, 2019 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator - Water-cooled Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.2→45.96 Å / Num. obs: 12568 / % possible obs: 99.83 % / Redundancy: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 82.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.41 / Rpim(I) all: 0.08148 / Rrim(I) all: 0.4181 / Net I/σ(I): 10.88 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.314 Å / Redundancy: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 3.331 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1223 / CC1/2: 0.544 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.6455 / Rrim(I) all: 3.394 / % possible all: 99.92 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1JXH Resolution: 3.2→45.96 Å / SU ML: 0.4556 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.7106 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→45.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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