PDB-8fzu: The von Willebrand factor A domain of human capillary morphogenes...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fzu

タイトル

The von Willebrand factor A domain of human capillary morphogenesis gene II, flexibly fused to the 1TEL crystallization chaperone, Thr-Val linker variant, Expressed with SUMO tag

要素

Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / TELSAM fusion / polymer forming crystallization chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / Uptake and function of anthrax toxins / Signaling by FLT3 fusion proteins / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transmembrane signaling receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gajjar, P.L. / Litchfield, C.M. / Callahan, M. / Redd, N. / Doukov, T. / Lebedev, A. / Moody, J.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Increasing the bulk of the 1TEL-target linker and retaining the 10×His tag in a 1TEL-CMG2-vWa construct improves crystal order and diffraction limits.
著者: Gajjar, P.L. / Pedroza Romo, M.J. / Litchfield, C.M. / Callahan, M. / Redd, N. / Nawarathnage, S. / Soleimani, S. / Averett, J. / Wilson, E. / Lewis, A. / Stewart, C. / Tseng, Y.J. / Doukov, ...

履歴

登録	2023年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fzu.cif.gz	361.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fzu.ent.gz	259.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8fzu_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fzu_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	8fzu_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	8fzu_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fzu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ft6C 8ft8C 8fz4C 8fzvC 8e1f 8fz3 8fz6 8fz8 C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
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Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
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RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

B: Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

C: Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

ヘテロ分子

86.3 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, Kim CA, Phillips ML, Kim W, Gingery M, Tran HH, Robinson MA, Faham S, Bowie JU. Polymerization of the SAM domain of TEL in leukemogenesis and transcriptional repression. ...根拠: 電子顕微鏡法, Kim CA, Phillips ML, Kim W, Gingery M, Tran HH, Robinson MA, Faham S, Bowie JU. Polymerization of the SAM domain of TEL in leukemogenesis and transcriptional repression. The EMBO journal. 2001 Aug 1;20(15):4173-82.
28.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.096, 164.096, 54.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Transcription factor ETV6,Anthrax toxin receptor 2 / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel / Capillary morphogenesis gene 2 protein / CMG-2 分子量: 28705.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TEL, TEL1, ANTXR2, CMG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212, UniProt: P58335
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES 2.0M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→71.06 Å / Num. obs: 66252 / % possible obs: 90.48 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.16 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1787 / R_pim(I) all: 0.05901 / Net I/σ(I): 4.67
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / R_merge(I) obs: 2.574 / Num. unique obs: 2186 / CC_1/2: 0.607 / R_rim(I) all: 2.709

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Blu-Ice		データ収集
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot	0.9.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→71.06 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.7026
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	3116	5.2 %
R_work	0.2377	56842	-
obs	0.2392	59958	90.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→71.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5823	0	6	827	6656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	6015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6601	8193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6663	2157

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.3599	57	0.3119	964	X-RAY DIFFRACTION	33.94
1.93-1.96	0.327	51	0.3052	914	X-RAY DIFFRACTION	32.69
1.96-2	0.3082	49	0.3192	952	X-RAY DIFFRACTION	33.73
2-2.03	0.3366	152	0.331	2587	X-RAY DIFFRACTION	90.76
2.03-2.07	0.326	166	0.3278	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.07-2.11	0.3407	167	0.3108	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.16	0.3608	149	0.3015	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.21	0.3442	152	0.2901	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.26	0.3592	156	0.2893	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.26-2.33	0.3194	137	0.2705	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.39	0.2952	141	0.2837	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.39-2.47	0.2978	149	0.2795	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.47-2.56	0.3079	121	0.2613	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.56-2.66	0.2877	181	0.2587	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.66-2.78	0.2803	180	0.2472	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.93	0.3013	131	0.2537	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.93-3.11	0.2901	145	0.2435	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.35	0.2033	124	0.2145	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.35-3.69	0.2249	175	0.1992	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.69-4.22	0.2242	176	0.1825	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.23-5.32	0.2143	153	0.1804	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.32-71.06	0.2219	204	0.2078	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14056932283	0.829919073104	-0.0651051650611	2.30559392954	-0.304394929106	1.80732844715	0.0225630586611	0.0308391943893	-0.179368745062	-0.0150501329278	-0.0827235093148	-0.15289049369	0.11143563903	0.2746885158	0.033366328845	0.190731772507	0.0521276052836	0.00331842669103	0.213052955633	0.0243805647016	0.137987750366	100.89941885	37.3245274368	-15.3336064269
2	2.4501246191	0.129829706761	-0.126959093578	4.30767692874	-0.0452741418716	1.52128286289	-0.0276361245113	0.0545762215992	-0.170840960428	-0.0907910340203	0.0607289074277	0.0446533063144	0.166125391966	0.0110050140698	-0.0313173005148	0.178202987497	0.0366247489614	-0.0239643050797	0.178329833514	-0.00768846726503	0.17671359365	111.693713622	24.7787646038	13.0989063931
3	4.74309686878	1.85421846307	1.18580426313	2.80131367962	0.335154345089	2.72508840108	-0.0776914927229	0.950684889882	0.19780303096	0.0124938885313	0.19079554325	0.594865131104	-0.133446702729	-0.883740817368	-0.214447700615	0.300010972564	-0.0276583590334	0.0424653069405	0.325961461759	0.0214740552612	0.181818382904	141.362492595	20.4348439384	66.552205863
4	1.64006273369	1.65879854269	0.0596398910109	3.53878475091	1.46838613213	1.2337985567	0.0863151035586	-0.234137946167	-0.0992849421564	0.318077929965	-0.111094903017	-0.123106047552	0.335368288062	-0.00548661201276	0.0391904543141	0.196410405802	0.027183877841	0.0459074635958	0.224831044426	0.0546093384849	0.150941801241	143.141413971	10.6943778498	74.3200619113
5	1.80656041852	0.164500639612	0.194599158108	2.60072853005	-0.425290201504	2.46353792163	0.0693292910968	0.15391819487	0.00265143584527	-0.111490166549	-0.132765611052	-0.248076010933	0.222559910062	0.112381385485	0.0422393397306	0.10493663441	0.00857009652775	0.0219985291463	0.171763205828	0.0117295712144	0.133894883353	151.856754152	9.64128394592	68.055986753
6	1.37743372002	0.833329049975	0.265915172756	1.27561764899	-0.0286041294769	1.61748329464	-0.0108820488782	-0.0417548480989	-0.0215535610706	-0.0267989598921	0.0325259464189	0.0807122060334	-0.0107752998166	-0.163774894307	-0.0382603467823	0.0989290934807	0.054986234235	0.0181419486784	0.152490726274	0.00744337452317	0.13625633798	133.307951836	13.9738706174	41.2052582151
7	0.824337310502	-0.424021034527	0.586005890105	0.667057335828	-0.413860362538	2.22492663132	0.0961475385673	-0.123199550588	0.306116725973	0.0651262053078	-0.120085920451	0.255955202982	-0.0494966021267	-0.457056399882	0.0454886549059	0.177352068627	0.11272251352	0.0202757215398	0.351172057783	0.0203850937745	0.272449434473	122.045245202	18.9225014593	44.5585734526
8	1.90220306247	-1.05827242855	0.274098680181	3.12650577324	-0.635559266749	1.73265040201	-0.0194704533277	0.283500863406	0.144008670942	-0.130941190149	0.0491263350727	-0.212712053929	0.0713256962194	0.187185796631	-0.0140302108293	0.198411260922	-0.000409889000327	0.0100336517495	0.195365743562	0.014277358278	0.128357618535	100.656380384	58.695690074	-25.9682526528
9	0.659818011615	0.376550142795	0.43355197357	0.763798143158	0.15033443399	1.17677585986	-0.016788307586	-0.0633345936693	0.168522500268	-0.0512800100449	-0.064208444469	-0.0159027251571	-0.149511727615	0.0328362750218	0.101117515506	0.200909678897	-0.00241271844552	0.0104683031763	0.224905990655	-0.018840240577	0.234565851506	109.725571564	63.5302362866	-0.0108501054304
10	3.09206486779	-0.424717728058	0.139142567059	1.62694352397	0.446983889876	2.58831847478	0.0299127152571	0.0596882276638	-0.189026908883	0.0017008103847	0.0520367000286	-0.0264620114596	0.137534146518	0.192475158262	-0.07642674024	0.184565247743	-0.0133860221397	-0.00264227360153	0.208680560271	0.00926365847025	0.206261764134	116.989646628	60.0397050335	2.61351188704

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 78 )	A	A	3 - 78	1 - 76
2	2	chain 'A' and (resid 79 through 255 )	A	A	79 - 255	77 - 253
3	3	chain 'B' and (resid 3 through 17 )	B	B	3 - 17	1 - 15
4	4	chain 'B' and (resid 18 through 45 )	B	B	18 - 45	16 - 43
5	5	chain 'B' and (resid 46 through 78 )	B	B	46 - 78	44 - 76
6	6	chain 'B' and (resid 79 through 208 )	B	B	79 - 208	77 - 206
7	7	chain 'B' and (resid 209 through 255 )	B	B	209 - 255	207 - 253
8	8	chain 'C' and (resid 2 through 64 )	C	C	2 - 64	1 - 63
9	9	chain 'C' and (resid 65 through 113 )	C	C	65 - 113	64 - 112
10	10	chain 'C' and (resid 114 through 256 )	C	C	114 - 256	113 - 255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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