+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fz4 | ||||||
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Title | The von Willebrand factor A domain of Anthrax toxin receptor 2 | ||||||
Components | Anthrax toxin receptor 2 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / CMG2 / anthrax toxin receptor / MIDAS domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information Uptake and function of anthrax toxins / transmembrane signaling receptor activity / endosome membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Pedroza-Romo, M.J. / Soleimani, S. / Lewis, A. / Smith, T. / Brown, S. / Doukov, T. / Moody, J.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: Increasing the bulk of the 1TEL-target linker and retaining the 10×His tag in a 1TEL-CMG2-vWa construct improves crystal order and diffraction limits. Authors: Gajjar, P.L. / Pedroza Romo, M.J. / Litchfield, C.M. / Callahan, M. / Redd, N. / Nawarathnage, S. / Soleimani, S. / Averett, J. / Wilson, E. / Lewis, A. / Stewart, C. / Tseng, Y.J. / Doukov, ...Authors: Gajjar, P.L. / Pedroza Romo, M.J. / Litchfield, C.M. / Callahan, M. / Redd, N. / Nawarathnage, S. / Soleimani, S. / Averett, J. / Wilson, E. / Lewis, A. / Stewart, C. / Tseng, Y.J. / Doukov, T. / Lebedev, A. / Moody, J.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8fz4.cif.gz | 162.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8fz4.ent.gz | 112.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8fz4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8fz4_validation.pdf.gz | 428.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8fz4_full_validation.pdf.gz | 428.9 KB | Display | |
Data in XML | 8fz4_validation.xml.gz | 14.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8fz4_validation.cif.gz | 20 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ft6C 8ft8C 8fzuC 8fzvC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19730.570 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: P37G, C39A, C175A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ANTXR2, CMG2 / Plasmid: pET42_SUMO / Details (production host): Kanamycin resistant / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): B / References: UniProt: P58335 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.76 % / Description: Rhomboid plates |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 1.2 uL of 20 mg/mL protein in 12.5 mM Tris pH 8.8, 200mM KCl, 10mM MgCl2 combined with 1.2 uL of 0.1 M Glycine pH 9.5, 24% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2021 |
Radiation | Monochromator: Si(111) and Si(220) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→39.08 Å / Num. obs: 16416 / % possible obs: 98.56 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 35.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08972 / Rpim(I) all: 0.0365 / Rrim(I) all: 0.09702 / Net I/σ(I): 10.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.268 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.8622 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 1620 / CC1/2: 0.849 / CC star: 0.958 / Rpim(I) all: 0.3496 / Rrim(I) all: 0.9318 / % possible all: 98.96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19→39.08 Å / SU ML: 0.2169 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.7878 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→39.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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