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Yorodumi- PDB-8fz3: Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Poly... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fz3 | ||||||
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Title | Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form | ||||||
Components | Transcription factor ETV6, Activated CDC42 kinase 1 fusion | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Sterile Alpha Motif / Ubiquitin Associated Domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / GTPase inhibitor activity / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / hematopoietic stem cell proliferation ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / GTPase inhibitor activity / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / hematopoietic stem cell proliferation / small GTPase-mediated signal transduction / epidermal growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / Signaling by FLT3 fusion proteins / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / neurogenesis / adherens junction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / phosphorylation / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.784 Å | ||||||
Authors | Averett, J.C. / Nawarathnage, S.D. / Moody, J.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form, With Disordered Human ACK1 UBA Domain Fused to C-terminus Authors: Averett, J.C. / Nawarathnage, S.D. / Moody, J.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8fz3.cif.gz | 212 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8fz3.ent.gz | 156.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8fz3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2qarS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19810.500 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: R45S, V77E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ETV6, TEL, TEL1, TNK2, ACK1 / Plasmid: pET42 / Details (production host): Kanamycin Resistant / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): B References: UniProt: P41212, UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 20, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.784→44.84 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 99.84 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 63.22 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1248 / Rpim(I) all: 0.02867 / Rrim(I) all: 0.1281 / Net I/σ(I): 20 |
Reflection shell | Resolution: 2.784→2.883 Å / Redundancy: 21 % / Rmerge(I) obs: 1.48 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.864 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.3301 / Rrim(I) all: 1.516 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QAR Resolution: 2.784→44.84 Å / SU ML: 0.4651 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.8854 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.784→44.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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