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- PDB-8fz2: Crystal structure of Fab460 in complex with MPER peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fz2
タイトルCrystal structure of Fab460 in complex with MPER peptide
要素
  • Fab460, H chain
  • Fab460, L chain
  • Transmembrane protein gp41
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HIV / MPER / membrane-proximal external region / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tan, K. / Kim, M. / Reinherz, E.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145509 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Inadequate structural constraint on Fab approach rather than paratope elicitation limits HIV-1 MPER vaccine utility.
著者: Tan, K. / Chen, J. / Kaku, Y. / Wang, Y. / Donius, L. / Khan, R.A. / Li, X. / Richter, H. / Seaman, M.S. / Walz, T. / Hwang, W. / Reinherz, E.L. / Kim, M.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab460, L chain
H: Fab460, H chain
P: Transmembrane protein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3973
ポリマ－50,3973
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.069, 144.069, 149.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: 抗体 Fab460, L chain


分子量: 23333.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): 293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab460, H chain


分子量: 24165.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): 293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein gp41 / TM / Glycoprotein 41 / gp41


分子量: 2897.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (strain 89.6) (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q73372
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris-HCl 50% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→42 Å / Num. obs: 7498 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 68.19 Å2 / CC1/2: 0.966 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.231 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.25 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.158 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 482 / CC1/2: 0.549 / CC star: 0.842 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 1.27 / Χ2: 0.986 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.15.1_3469精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→41.59 Å / SU ML: 0.5945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0502
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3099 426 4.43 %
Rwork0.262 9184 -
obs0.2642 6949 65.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 0 0 3010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00153080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47024226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0408489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.98311774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-4.010.4028800.32321923X-RAY DIFFRACTION41.26
4.01-5.050.27681500.26232865X-RAY DIFFRACTION62.16
5.05-41.590.31231960.24624396X-RAY DIFFRACTION94.23
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01698533320.03555272848010.3239154830171.628683118730.1684752119491.926737833680.008663741659770.429682122104-0.23551977848-0.3377488687260.4252348893120.3488374649610.342561800375-0.664800273530.3569746787810.0499607376344-0.233156078812-0.4692760476670.460272063071-0.3382109076020.421613465709-19.0802323102-5.33156249091-18.1667872506
21.1403527598-0.937116981376-1.06859828811.15061292995-0.05480036554293.69942830278-0.3476955233760.562278240555-0.341789672069-0.443002587346-0.1220114236930.5389717605050.594820738032-1.46014155994-0.2848747081140.203139040648-0.00556278918728-0.3740092088170.4540493438120.09560438059560.659078479595-21.6286679287-3.42291636232-14.9993630499
30.859954768399-0.2919861072681.504165602211.36082645121-0.03499150044922.744411924650.01907199604921.05525559831-0.381179725124-1.294531359110.275128219080.1685711285480.4713821197980.0756847759994-0.3443959535360.99006881331-0.649319247562-0.6335737687521.02767152808-0.9498338165911.05062516755-27.972752003-20.8689636668-40.6690867556
40.8548652915711.00390923906-0.1321065282976.09081003018-0.8853202323380.131232879184-0.4469837950541.43716658715-1.33777164974-1.000080160420.560024172309-1.437890994720.5770756953130.1135547349860.03881214050530.916303829827-0.6549834472350.01424487702911.83880185053-0.2284298911281.03507930017-25.7963907742-21.8236911009-39.7130197245
56.1205974033-1.95960831511-2.424305907481.057273588560.7011690735591.531574359560.927027486610.523215642014-0.313972840653-0.703761830022-0.0904354098124-1.643892486060.1170996999030.0344298462694-0.5349555720780.8133411983350.210127642468-0.008967890076941.38621972113-0.6334965855892.48964487539-17.760975451-22.7360097202-48.7940107776
64.42500886837-3.61505705772-1.105763474044.692270412130.8400513407614.563176385090.1092481394020.138218113503-0.2367930061410.1681588404670.273528898298-0.6015133191940.672308853307-0.611955788401-0.4273676646720.910411363449-0.229818819257-0.3612705712031.59578717163-0.4698733045331.06238054982-31.5741990584-16.0356324275-33.6951626828
71.379762808060.870629435149-0.01519191422622.02699222735-0.2149122437570.0287256742765-0.6533856700091.18192773222-0.597758545518-0.9875559302030.612637014589-0.9120877027260.0325385695588-0.11289405248-0.1816492862661.76035142561-0.800829005906-0.4983488763191.90411126933-0.8892196164371.64546988094-17.9853206636-17.9101632197-56.1496348204
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90.5690780209490.435151470241-0.1359139754091.00639582530.08116961189891.41089334105-0.01487978534631.275404752890.537039754852-0.680550638311-0.4488059200640.750080425937-0.477289528424-0.7827802678420.2807873193130.7055915737520.199669851669-0.2940957980320.8534716296130.3603452381060.613529050812-16.763906253413.0117593382-27.9854197765
101.56591618111-0.643504398321-0.2473624709940.2747280978230.2175670716881.03597116979-0.5137533427651.25972283346-0.673562701614-0.2008051539880.02726868576670.277021547772-0.374832820559-0.6841969889040.5722303849371.27531749446-0.07321521262350.2512346425842.14209331834-0.4207890124550.86240784489-26.3884775171-10.5116177092-54.8797114738
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133.98265750633-1.20703723252.370348762875.05550681834-0.6462196270726.536925476480.180870391673-0.04375405709690.834279301074-0.37386745811-0.0771853992168-0.0980993462764-0.461158741639-0.1315128369090.0860619253780.2795684261930.164186561095-0.02655727927470.3955456984290.07513763328560.714718017261-11.130797155212.5743813907-8.24620061734
143.144562485660.823682941578-0.1512221297420.2255627887870.09494795204383.371411718920.213839765637-0.2636121736570.6303849724250.103329609869-0.07476022267650.339250168797-0.451641661334-0.438151783534-0.09078428764690.4442076931920.6881951925740.5487303789330.78883216171-0.07091071912140.505450666495-17.163302657815.04633994912.70827850271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 48 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 102 through 130 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 131 through 143 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 144 through 163 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 164 through 173 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 174 through 185 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 186 through 205 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 119 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 120 through 142 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 143 through 173 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 174 through 222 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'P' and (resid 658 through 667 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'P' and (resid 668 through 677 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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