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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fxj | ||||||
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Title | Crystal structure of Fab460 | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab460 / MPER / Membrane-Proximal External Region / HIV / vaccine | ||||||
Function / homology | ACETATE ION![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Kim, M. / Reinherz, E.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Inadequate structural constraint on Fab approach rather than paratope elicitation limits HIV-1 MPER vaccine utility. Authors: Tan, K. / Chen, J. / Kaku, Y. / Wang, Y. / Donius, L. / Khan, R.A. / Li, X. / Richter, H. / Seaman, M.S. / Walz, T. / Hwang, W. / Reinherz, E.L. / Kim, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 228.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 153 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 469 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 471.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fwfC ![]() 8fymC ![]() 8fz2C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules LH
#1: Antibody | Mass: 23333.951 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 24165.865 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 5 types, 270 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.94 Å3/Da / Density % sol: 75.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 1.5M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Sodium actate, |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2022 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45 Å / Num. obs: 63553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 37.05 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.165 / Net I/σ(I): 23.23 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.193 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3133 / CC1/2: 0.571 / CC star: 0.853 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.294 / Χ2: 0.613 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→44.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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