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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fym | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab235 in complex with MPER peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / MPER / membrane proximal external region / Vaccucine / Fab | ||||||
機能・相同性 | prop-2-enamide 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Kim, M. / Reinherz, E.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Inadequate structural constraint on Fab approach rather than paratope elicitation limits HIV-1 MPER vaccine utility. 著者: Tan, K. / Chen, J. / Kaku, Y. / Wang, Y. / Donius, L. / Khan, R.A. / Li, X. / Richter, H. / Seaman, M.S. / Walz, T. / Hwang, W. / Reinherz, E.L. / Kim, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fym.cif.gz | 785.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fym.ent.gz | 541.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fym_validation.pdf.gz | 531.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fym_full_validation.pdf.gz | 543.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fym_validation.xml.gz | 59.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fym_validation.cif.gz | 82.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fym | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fwfC 8fxjC 8fz2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 PCFJ
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2644.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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-抗体 , 2種, 8分子 LADGHBEI
#1: 抗体 | 分子量: 24203.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): 293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 24267.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): 293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 4種, 445分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1% (w/v) Tryptone, 0.05M HEPES:NaOH, 2% (v/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月26日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→48 Å / Num. obs: 78049 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 32.41 Å2 / CC1/2: 0.974 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 6.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3908 / CC1/2: 0.386 / CC star: 0.746 / Rpim(I) all: 0.579 / Rrim(I) all: 1 / Χ2: 0.626 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→47.95 Å / SU ML: 0.3527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.9064 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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