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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fy0 | |||||||||||||||||||||
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Title | E3:PROTAC:target ternary complex structure (VCB/753b/BCL-xL) | |||||||||||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / ternary complex / degrader | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() apoptotic process in bone marrow cell / regulation of cellular response to hypoxia / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity ...apoptotic process in bone marrow cell / regulation of cellular response to hypoxia / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / target-directed miRNA degradation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / elongin complex / VCB complex / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Bcl-2 family protein complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of anoikis / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ectopic germ cell programmed cell death / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / cellular response to amino acid stimulus / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / endocytosis / RAS processing / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Olsen, S.K. / Nayak, D. / Lv, D. / Yuan, Y. / Zhang, P. / Hu, W. / Lv, Z. / Sung, P. / Hromas, R. / Zheng, G. / Zhou, D. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Development and crystal structures of a potent second-generation dual degrader of BCL-2 and BCL-xL. Authors: Nayak, D. / Lv, D. / Yuan, Y. / Zhang, P. / Hu, W. / Nayak, A. / Ruben, E.A. / Lv, Z. / Sung, P. / Hromas, R. / Zheng, G. / Zhou, D. / Olsen, S.K. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 19.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fy1C ![]() 8fy2C ![]() 6dc6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 20729.531 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 13179.780 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 10914.498 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#4: Protein | Mass: 25977.510 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 4 molecules ![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
#5: Chemical | ChemComp-CAD / | ||
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#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-YF8 / | Mass: 1640.478 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C82H104ClF3N11O11S4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 5.5, 0.2 M Sodium chloride, 6-8% PEG 8000 and 4% tert-Butanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 108 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 23, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.94→170 Å / Num. obs: 21196 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 65.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.94→3.12 Å / Num. unique obs: 3282 / CC1/2: 0.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6DC6 Resolution: 2.94→69.17 Å / SU ML: 0.3825 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.3223 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.94→69.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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