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- PDB-8fy1: E3:PROTAC:target ternary complex structure (VCB/753b/BCL-2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fy1
タイトルE3:PROTAC:target ternary complex structure (VCB/753b/BCL-2)
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSCRIPTION / ternary complex / degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process ...channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cellular response to hypoxia / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / stem cell development / lymphoid progenitor cell differentiation / T cell apoptotic process / melanocyte differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / focal adhesion assembly / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / negative regulation of motor neuron apoptotic process / VCB complex / elongin complex / regulation of viral genome replication / oocyte development / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / Replication of the SARS-CoV-1 genome / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / response to iron ion / negative regulation of ossification / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / axon regeneration / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / organ growth / negative regulation of B cell apoptotic process / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / digestive tract morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / positive regulation of smooth muscle cell migration / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell homeostasis / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / BH3 domain binding / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of anoikis / regulation of calcium ion transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hematopoietic stem cell differentiation / behavioral fear response
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Elongin-C / Elongin B / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Apoptosis regulator Bcl-2 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Nayak, D. / Lv, D. / Yuan, Y. / Zhang, P. / Hu, W. / Lv, Z. / Sung, P. / Hromas, R. / Zheng, G. / Zhou, D. / Olsen, S.K.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115568 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM128731 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR200030 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA242003 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA241191 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01 AG063801 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Development and crystal structures of a potent second-generation dual degrader of BCL-2 and BCL-xL.
著者: Nayak, D. / Lv, D. / Yuan, Y. / Zhang, P. / Hu, W. / Nayak, A. / Ruben, E.A. / Lv, Z. / Sung, P. / Hromas, R. / Zheng, G. / Zhou, D. / Olsen, S.K.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3675
ポリマ－67,7274
非ポリマー1,6401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.482, 94.593, 81.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 20729.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 23005.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415
#5: 化合物 ChemComp-YF8 / N-[8-(4-{[(1R,3R,4S)-4-(4-chlorophenyl)-1-methyl-3-{[4-(4-{[4-{[(2R)-4-(morpholin-4-yl)-1-(phenylsulfanyl)butan-2-yl]amino}-3-(trifluoromethanesulfonyl)benzene-1-sulfonyl]carbamoyl}phenyl)piperazin-1-yl]methyl}cyclohexyl]methyl}piperazin-1-yl)-8-oxooctanoyl]-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide


分子量: 1640.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C82H104ClF3N11O11S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Tris-Cl pH 8.7, 18% PEG 8000, 0.2 M MgCl2 and 3% 1,6-Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→94.6 Å / Num. obs: 22772 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 55.35 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.56→2.68 Å / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DC6

6dc6


解像度: 2.56→80.5 Å / SU ML: 0.3737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.2062
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 1997 8.8 %
Rwork0.2122 20692 -
obs0.2156 22689 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→80.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3915 0 112 0 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76835620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.50291544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.630.33711390.30361438X-RAY DIFFRACTION93.42
2.63-2.70.31491410.28121450X-RAY DIFFRACTION98.94
2.7-2.780.36711420.31891488X-RAY DIFFRACTION98.97
2.78-2.870.3821400.3311448X-RAY DIFFRACTION98.57
2.87-2.970.33291420.27751463X-RAY DIFFRACTION97.51
2.97-3.090.30371410.2491454X-RAY DIFFRACTION99.69
3.09-3.230.32311440.26451495X-RAY DIFFRACTION99.76
3.23-3.40.33611450.28421506X-RAY DIFFRACTION99.64
3.4-3.610.32091410.22931468X-RAY DIFFRACTION99.81
3.61-3.890.27841440.21541488X-RAY DIFFRACTION99.51
3.89-4.280.18771440.18711492X-RAY DIFFRACTION98.49
4.28-4.90.16151430.15481473X-RAY DIFFRACTION99.94
4.9-6.180.23981440.17411506X-RAY DIFFRACTION99.88
6.18-80.50.18821470.16481523X-RAY DIFFRACTION98.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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