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万見
- PDB-8fwf: Crystal structure of Apo form Fab235 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fwf
タイトルCrystal structure of Apo form Fab235
要素
  • Fab235, heavy chain
  • Fab235, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / membrane proximal external region / MPER / vaccine
機能・相同性ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Tan, K. / Kim, M. / Reinherz, E.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145509 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Inadequate structural constraint on Fab approach rather than paratope elicitation limits HIV-1 MPER vaccine utility.
著者: Tan, K. / Chen, J. / Kaku, Y. / Wang, Y. / Donius, L. / Khan, R.A. / Li, X. / Richter, H. / Seaman, M.S. / Walz, T. / Hwang, W. / Reinherz, E.L. / Kim, M.
履歴
登録2023年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab235, light chain
H: Fab235, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,57928
ポリマ－48,4712
非ポリマー2,10726
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8680 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.755, 120.755, 86.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-519-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Fab235, light chain


分子量: 24203.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 F cells
#2: 抗体 Fab235, heavy chain


分子量: 24267.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 F cells

-
非ポリマー , 7種, 267分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M Ammonium Sulphate, 0.1M HEPES:NaOH, 2%(v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 46067 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.75 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.42 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 2312 / CC1/2: 0.505 / CC star: 0.819 / Rpim(I) all: 0.532 / Χ2: 0.734 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→49.59 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4853
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 2272 4.94 %
Rwork0.1705 43708 -
obs0.1722 45980 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 0 119 241 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04194976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2407523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.990.26671380.22652576X-RAY DIFFRACTION92
1.99-2.030.25541230.20452766X-RAY DIFFRACTION98.63
2.03-2.080.21281380.19882765X-RAY DIFFRACTION98.14
2.08-2.140.2461580.18652701X-RAY DIFFRACTION98.01
2.14-2.20.20711470.18272738X-RAY DIFFRACTION97.83
2.2-2.270.22961420.17742739X-RAY DIFFRACTION97.56
2.27-2.350.21171390.1772738X-RAY DIFFRACTION97.36
2.35-2.450.2311410.18052731X-RAY DIFFRACTION97.13
2.45-2.560.25131420.18762743X-RAY DIFFRACTION96.78
2.56-2.70.24661210.19362734X-RAY DIFFRACTION96.55
2.7-2.860.2271490.18312746X-RAY DIFFRACTION96.66
2.86-3.090.21741650.17932726X-RAY DIFFRACTION96.85
3.09-3.40.19461340.17072759X-RAY DIFFRACTION96.69
3.4-3.890.18921410.1542750X-RAY DIFFRACTION95.13
3.89-4.90.15711480.13282718X-RAY DIFFRACTION93.45
4.9-49.590.1931460.16682778X-RAY DIFFRACTION90.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67253150130.206508193840.5010065828211.96057445017-0.4400082836992.51293584659-0.101462835546-0.05678137224020.475933776470.11365958448-0.00737467659399-0.0991482861368-0.3849024606260.02610294591940.09515736132150.246612473653-0.002220433305690.01912834081970.120947624573-0.02068891720660.2408630833132.6753784469535.99437000312.80049356682
23.28199888941-0.01104559186541.735374771450.08407866816630.1351106179081.13160438437-0.11411440649-0.1631564644410.3199944656450.1036271838280.0470064449045-0.080812803486-0.1727518661990.01264570147840.04014515258860.26275185153-0.03993211524710.00609048779440.195005377693-0.04752039396550.24330003284517.975141494827.896396719811.780699817
32.78153552371-1.148493165910.4952411213765.723382789910.3489975247571.70241485823-0.074243947430.1656861122040.0409761640728-0.2293999538470.121746630155-0.427546143157-0.05143359029340.30295664429-0.0357914302330.231996496674-0.0884655424759-0.001419830348970.303710408577-0.08601785084690.25206980995538.520531170721.889266136716.34407494
42.25795999419-1.432832128350.340948268553.13760902901-0.08039986233490.8625800295760.0226987698288-0.3107472594470.3536376966230.3188291995250.0562670174308-0.39110576218-0.09247749612810.0317473665721-0.08477698623010.198968662319-0.02010225889020.03973762302320.211461158019-0.03666254580270.1613473614730.24888662543215.221243890914.709409222
51.73815675361-0.3608324737460.7495393376981.98989914514-0.3141219999431.088198943260.0414910791623-0.06766275870740.08969802201860.1134716788460.008767378113570.0604532483093-0.0839685007299-0.123023590096-0.05103877832390.159237320009-0.005617210529920.05096237724580.14895559899-0.02347918405850.108571467978-3.8389542924415.85694879449.1732974712
60.9586690942090.6049966856790.7967190779460.9757221231660.2934082574620.7060850438760.111625015992-0.3464429667430.3558619827330.248898188695-0.2874476200920.1834806236450.100679368695-0.1847168839370.1545026593040.260643718489-0.0611893207425-0.007756704950550.338012188951-0.1322657332410.27958410167227.155894620418.048893328224.8813349084
74.321086976272.483617644672.368551013545.080248969952.905251152923.454756795450.593906397125-0.710856580362-0.08349039452110.894341683197-0.45040366617-0.2365527773420.395984861008-0.201461086051-0.02007348073130.469853164693-0.1774060699960.05010845997750.536691051837-0.1128518529060.30092652089326.23283687717.003050171333.9447948892
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 1 through 81 )LA1 - 811 - 81
22chain 'L' and (resid 82 through 134 )LA82 - 13482 - 134
33chain 'L' and (resid 135 through 220 )LA135 - 220135 - 220
44chain 'H' and (resid 1 through 44 )HB1 - 441 - 44
55chain 'H' and (resid 45 through 121 )HB45 - 12145 - 121
66chain 'H' and (resid 122 through 198 )HB122 - 198122 - 198
77chain 'H' and (resid 199 through 226 )HB199 - 226199 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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