PDB-8fve: E coli. CTP synthase in complex with CTP (potassium malonate + 10...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fve

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with CTP (potassium malonate + 100 mM MgCl2)

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / cytoophidium / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fve.cif.gz	528.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fve.ent.gz	361 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8fve_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fve_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8fve_validation.xml.gz	42 KB	表示
CIF形式データ	8fve_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fve	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8fv6C 8fv7C 8fv8C 8fv9C 8fvaC 8fvbC 8fvcC 8fvdC 8sbrC 5tkvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTP synthase

B: CTP synthase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTP synthase

B: CTP synthase

ヘテロ分子

A: CTP synthase

B: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	159.496, 109.737, 129.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→100.4 Å / Num. obs: 89213 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 1.376 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 17548 / CC_1/2: 0.834 / CC star: 0.969 / R_pim(I) all: 0.39 / R_rim(I) all: 0.834 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv

解像度: 2.4→100.4 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.1013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1911	4516	5.06 %
R_work	0.1665	84688	-
obs	0.1677	89204	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→100.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8375	0	81	358	8814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	8638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0735	11721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0637	1332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	1529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0094	3248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.2849	148	0.262	2649	X-RAY DIFFRACTION	93.67
2.43-2.45	0.2645	151	0.2416	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.48	0.2618	139	0.2269	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.52	0.2691	141	0.215	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.55	0.2401	159	0.2122	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.58	0.283	135	0.2173	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.62	0.2379	144	0.208	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.66	0.244	145	0.2092	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.7	0.2829	139	0.2181	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.75	0.2585	129	0.2236	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.2591	159	0.2337	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.2994	162	0.2508	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.84-2.9	0.2745	153	0.2553	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.96	0.2454	156	0.2317	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.02	0.2533	149	0.228	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.09	0.2662	141	0.2184	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.17	0.256	158	0.2001	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.25	0.2213	148	0.1798	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.35	0.226	133	0.1743	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.46	0.1871	134	0.1802	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.58	0.1883	141	0.1784	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.73	0.1866	176	0.1489	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.9	0.1575	156	0.1306	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.1	0.1618	153	0.1331	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.36	0.1287	145	0.1236	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-4.69	0.1614	158	0.1144	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.17	0.1248	163	0.1216	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-5.91	0.1708	159	0.1466	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-7.45	0.1684	167	0.1555	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
7.45-100.4	0.1549	175	0.1454	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.15573763065	0.969635123517	0.0499893854802	1.72718631759	-0.308925270143	1.86611510678	0.118615448646	-0.405735901459	0.143307849758	0.19542127461	-0.236849447811	-0.0427190861067	-0.252041989929	0.210901594608	0.117174071728	0.362498571013	-0.0868257301139	-0.0097182711305	0.327063935274	-0.03729438086	0.320474989396	-70.4992013649	13.309815134	-39.2440963949
2	1.87828124739	0.236197128896	-0.0489507655597	1.76041433753	0.637480299686	2.55849632059	-0.0184746486198	0.175023945202	0.273657359756	-0.167262577999	-0.0454789681249	-0.14769862151	-0.413614640861	0.182981395048	0.0324778883153	0.344863395136	-0.0423743852372	-0.0296320060121	0.303088586233	0.0737387057603	0.344771419481	-66.3962865541	16.5068142938	-58.4132330862
3	1.58195097443	-0.533897374205	-0.1914467669	1.9314803135	-1.26953132808	3.38040753214	-0.173035985986	-0.511080043668	-0.255435705612	0.428133215595	-0.349006654707	-0.443311643953	-0.261663907973	1.09566955888	0.317921771478	0.515082780748	-0.218133683386	-0.155867264769	0.957314600859	0.25209746689	0.647454361004	-43.2802608235	9.86239124644	-23.9673917112
4	2.9247704047	-1.24033144931	0.350417871341	1.60906931455	-0.38720255878	1.93571825863	0.0333911344278	0.204296813306	-0.158900378019	-0.123294603524	-0.114779934322	-0.0915079907652	0.382796147681	0.285803028769	0.0917604543143	0.434610819877	0.101524950318	0.0695940476584	0.331473058897	0.0145035760925	0.35451955085	-64.0227012523	-15.4014756811	-77.7813311895
5	4.99715788748	-1.65312724981	0.00541130279315	1.65037536537	-0.127330391669	1.8483563416	-0.0403205943387	0.40459278954	0.1645810914	-0.13015802348	-0.100813220251	-0.234902564096	0.253079490061	0.188149298752	0.0954084940053	0.4114972166	0.0923354542074	0.0563483825616	0.408231890173	-0.0116679168207	0.367245406382	-65.7437037734	-8.52115689857	-89.0771096891
6	3.22659199297	-0.854213588139	1.07267001992	1.58614065888	-0.751199292403	1.40157340798	0.173224546968	0.138319399341	-0.362181994521	-0.206298739435	-0.184147790369	0.260166304264	0.31275665013	-0.0345840145821	0.0399378846596	0.41787099012	0.0302574144749	0.0383337870129	0.343407661891	-0.0510237950702	0.380711278451	-78.0723142608	-12.2485706144	-80.3193370472
7	2.28788842683	-0.273166948602	-0.404054072654	2.41109824072	0.994755146668	2.45547067445	-0.0675617548085	-0.191376479432	-0.197296882356	0.215488722515	0.0537299086448	-0.19580993975	0.515537290651	0.335451700074	-0.0100525402023	0.399985618869	0.0885118273842	0.021794565279	0.365708286116	0.0772259251122	0.346776407913	-61.7464604407	-14.6541700743	-63.0365304006
8	2.18008010821	0.0764948628109	0.662488294705	2.24625060253	-0.519527024428	2.73575684272	-0.200963530644	0.415526717737	0.620941760559	-0.274830023884	0.0660804215672	-0.275573267454	-0.327402889207	0.445364158648	0.128477578916	0.420701819837	0.0507855179608	0.106969514226	0.591934623602	0.106024144699	0.645005117724	-42.8224244032	-0.3173717692	-97.2899926526
9	2.32101193228	0.281848972381	0.183246805593	3.27871223891	-1.13658413608	3.81370468834	0.0527221868311	0.564682907213	0.314535604444	-0.504056175202	-0.0834178763827	-0.279833086985	0.112476114958	0.420118264189	0.0273583839142	0.593577997321	0.131668423333	0.17354647994	0.74836554647	0.120034810286	0.467415904825	-45.8639966588	-8.84847376557	-106.64788915
10	2.1208925923	-0.154167307695	0.0955499262539	3.20084373138	-0.861330800549	3.61433878168	-0.293869325472	1.21065721821	0.209765537357	-0.927680867805	0.0230227028017	-0.16026985712	0.259467300622	0.977926921392	0.0316757960909	0.671756986094	0.106467552592	0.214528644301	0.972830059311	0.0946212937047	0.641222792516	-40.0926355167	-7.90680408779	-108.576378182
11	1.7794711191	0.279504139056	0.424365150695	2.43877205727	-0.634104644537	2.85139421694	-0.16908340207	0.435478028553	0.144108137286	-0.0931560086425	0.131150616014	-0.370822066633	0.132394775308	0.494984983716	0.0253007813279	0.415019071588	0.162600836566	0.133463421065	0.651408268426	0.0282876031977	0.542390921296	-38.6449928787	-10.3756682657	-92.3126130304

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 147 )	A	A	1 - 147	1 - 147
2	2	chain 'A' and (resid 148 through 273 )	A	A	148 - 273	148 - 273
3	3	chain 'A' and (resid 274 through 543 )	A	A	274 - 543	274 - 535
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 48 )	B	E	1 - 48	1 - 48
5	5	chain 'B' and (resid 49 through 105 )	B	E	49 - 105	49 - 105
6	6	chain 'B' and (resid 106 through 164 )	B	E	106 - 164	106 - 164
7	7	chain 'B' and (resid 165 through 273 )	B	E	165 - 273	165 - 273
8	8	chain 'B' and (resid 274 through 452 )	B	E	274 - 452	274 - 445
9	9	chain 'B' and (resid 453 through 482 )	B	E	453 - 482	446 - 475
10	10	chain 'B' and (resid 483 through 508 )	B	E	483 - 508	476 - 501
11	11	chain 'B' and (resid 509 through 543 )	B	E	509 - 543	502 - 536

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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