PDB-8fv7: E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP + ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fv7

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with dF-dCTP + ATP

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fv7.cif.gz	252.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fv7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fv7_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fv7_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8fv7_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	8fv7_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fv6C 8fv8C 8fv9C 8fvaC 8fvbC 8fvcC 8fvdC 8fveC 8sbrC 5tkvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
246 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.982, 108.456, 128.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-996- HOH

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GTF / 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / Gemcitabine-TRIPHOSPHATE / ゲムシタビン三りん酸分子量: 503.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄F₂N₃O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.6532 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6532 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→83.126 Å / Num. obs: 133846 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.3 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 1.862 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 13223 / CC_1/2: 0.684 / CC star: 0.901 / R_pim(I) all: 0.556 / R_rim(I) all: 1.944 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv

解像度: 2.08→83.126 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.299 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	6615	4.946 %
R_work	0.203	127125	-
all	0.204	-	-
obs	-	133740	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.846 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.406 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.187 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.781 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→83.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8334	0	126	659	9119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.178	1.644	12073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.097	1.577	19530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.727	5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.235	21.822	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.6	15	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.454	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.159	0.2	8385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.143	0.2	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.068	0.2	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.097	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.342	4.132	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.342	4.131	4392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.344	6.19	5523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.344	6.19	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.351	4.315	4466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.351	4.314	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.347	6.389	6539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.347	6.388	6540
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.713	48.851	9802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.498	48.433	9611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.134	0.303	453	0.303	9358	X-RAY DIFFRACTION	99.9593
2.134-2.193	0.278	446	0.277	9091	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.193-2.256	0.26	451	0.265	8867	X-RAY DIFFRACTION	99.9464
2.256-2.325	0.281	463	0.252	8538	X-RAY DIFFRACTION	99.9223
2.325-2.402	0.295	441	0.242	8371	X-RAY DIFFRACTION	99.9546
2.402-2.486	0.252	424	0.234	8045	X-RAY DIFFRACTION	99.9646
2.486-2.58	0.248	405	0.227	7803	X-RAY DIFFRACTION	99.9756
2.58-2.685	0.26	372	0.225	7537	X-RAY DIFFRACTION	99.9621
2.685-2.804	0.262	375	0.226	7208	X-RAY DIFFRACTION	99.9868
2.804-2.941	0.248	376	0.218	6878	X-RAY DIFFRACTION	99.9724
2.941-3.1	0.217	342	0.222	6584	X-RAY DIFFRACTION	99.9856
3.1-3.288	0.237	317	0.2	6210	X-RAY DIFFRACTION	99.847
3.288-3.515	0.221	316	0.19	5838	X-RAY DIFFRACTION	99.7569
3.515-3.797	0.2	293	0.176	5468	X-RAY DIFFRACTION	99.7576
3.797-4.159	0.193	253	0.165	5032	X-RAY DIFFRACTION	99.6606
4.159-4.649	0.171	243	0.151	4568	X-RAY DIFFRACTION	99.4008
4.649-5.368	0.16	213	0.156	4048	X-RAY DIFFRACTION	99.4167
5.368-6.573	0.198	215	0.189	3414	X-RAY DIFFRACTION	99.343
6.573-9.287	0.164	133	0.168	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.0318
9.287-83.126	0.257	84	0.269	1536	X-RAY DIFFRACTION	96.6011

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関連情報:EMDBヘッダ

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