PDB-8fqu: ADC-219 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqu

タイトル

ADC-219 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BATSI / inhibitor / Acinetobacter-derived cephalosporinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

Chem-YDB

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Maurer, O.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqu.cif.gz	311.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqu.ent.gz	250.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fqu_validation.pdf.gz	975.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fqu_full_validation.pdf.gz	979 KB	表示
XML形式データ	8fqu_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	8fqu_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqnC 8fqoC 8fqpC 8fqqC 8fqrC 8fqsC 8fqtC 8fqvC 8fqwC 4u0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biological assembly
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.517, 172.435, 49.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40872.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-YDB / 1-[(2R)-2-{2-[(5-amino-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamido}-2-boronoethyl]-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid 分子量: 373.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂BN₇O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→86.22 Å / Num. obs: 81281 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.49→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4063 / CC_1/2: 0.595 / R_pim(I) all: 0.478

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	v1.19	精密化
Coot		モデル構築
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U0X

4u0x

解像度: 1.49→30.19 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	3966	4.88 %
R_work	0.1744	-	-
obs	0.1761	81264	70.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→30.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5672	0	64	724	6460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.885	8052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.295	2214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	874
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.112	2	0.246	32	X-RAY DIFFRACTION	1
1.51-1.53	0.1719	10	0.2335	101	X-RAY DIFFRACTION	3
1.53-1.55	0.337	4	0.2492	247	X-RAY DIFFRACTION	6
1.55-1.57	0.309	12	0.2388	443	X-RAY DIFFRACTION	11
1.57-1.59	0.27	23	0.2347	554	X-RAY DIFFRACTION	14
1.59-1.61	0.2724	45	0.2478	760	X-RAY DIFFRACTION	20
1.61-1.64	0.2903	51	0.2499	1070	X-RAY DIFFRACTION	27
1.64-1.66	0.2651	53	0.2433	1342	X-RAY DIFFRACTION	34
1.66-1.69	0.2928	118	0.249	2039	X-RAY DIFFRACTION	52
1.69-1.72	0.2626	134	0.2499	2641	X-RAY DIFFRACTION	68
1.72-1.76	0.2772	139	0.243	2939	X-RAY DIFFRACTION	74
1.76-1.79	0.2687	196	0.2378	3567	X-RAY DIFFRACTION	92
1.79-1.83	0.2534	223	0.2195	3856	X-RAY DIFFRACTION	98
1.83-1.87	0.2784	197	0.2138	3818	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.92	0.2377	178	0.2061	3881	X-RAY DIFFRACTION	98
1.92-1.97	0.2277	183	0.1897	3914	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2.03	0.2244	202	0.182	3792	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.1	0.2284	212	0.1757	3871	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1-2.17	0.2198	197	0.1751	3859	X-RAY DIFFRACTION	98
2.17-2.26	0.2115	212	0.1658	3856	X-RAY DIFFRACTION	98
2.26-2.36	0.2198	171	0.1778	3904	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.49	0.1964	208	0.1794	3852	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.64	0.2138	184	0.1791	3883	X-RAY DIFFRACTION	98
2.64-2.85	0.2237	207	0.1844	3849	X-RAY DIFFRACTION	98
2.85-3.13	0.2254	190	0.1759	3578	X-RAY DIFFRACTION	91
3.13-3.58	0.1795	209	0.1589	3794	X-RAY DIFFRACTION	96
3.58-4.51	0.1636	211	0.1296	3920	X-RAY DIFFRACTION	99
4.51-30.19	0.1675	195	0.1478	3936	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7501	0.1806	0.0962	2.8422	1.7225	1.6489	0.0247	0.0023	0.0262	-0.1812	-0.0241	0.0485	-0.1921	-0.0659	-0.0068	0.1089	0.0072	0.0117	0.0819	0.024	0.0736	-5.3557	-5.4065	23.7732
2	1.3767	0.0192	-0.2943	2.3894	0.9974	1.6066	0.0534	0.0782	0.0821	-0.2621	0.0051	-0.1037	-0.309	0.0091	-0.0522	0.1674	0.0028	0.005	0.0983	0.002	0.0715	-2.257	-6.1248	14.9369
3	1.0542	-0.8614	0.2864	1.5287	-0.0917	1.2176	0.0362	0.1778	0.2772	-0.1276	-0.0608	-0.2021	-0.1319	0.1353	0.0168	0.0869	-0.0124	-0.0009	0.107	0.0321	0.1651	-25.7354	50.1983	-12.4794
4	0.9399	0.3743	-0.2699	1.0931	-0.2586	1.627	-0.0191	-0.1733	-0.0409	0.1381	0.0055	-0.0437	0.0964	0.0655	0.0177	0.1125	0.0343	-0.0078	0.1382	-0.0022	0.0877	-20.0455	25.9221	12.306
5	2.0151	-0.6624	1.0593	0.6935	-0.0912	1.7223	-0.0385	-0.2829	0.1502	0.163	0.0533	0.038	-0.0217	-0.161	-0.0223	0.1222	0.0104	0.0133	0.1266	-0.0086	0.1438	-28.877	44.2004	6.2156
6	1.0392	0.0446	0.1006	1.338	-0.0549	1.0029	-0.0061	0.0264	-0.0188	0.0312	0.0123	-0.153	0.0891	0.1697	-0.0044	0.0701	0.0116	-0.0031	0.1197	-0.0012	0.0957	-11.8014	33.0103	-3.774
7	1.7717	-0.9052	0.0335	1.1166	0.0385	1.1891	0.0463	0.2005	0.0665	-0.0999	-0.0263	-0.0321	-0.0061	0.0855	-0.01	0.0801	-0.0007	-0.0108	0.1128	0.005	0.0979	-19.7879	39.4844	-10.9956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 193 through 360 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 167 through 228 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 229 through 308 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 309 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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