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- PDB-8fqs: ADC-212 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fqs | ||||||
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Title | ADC-212 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076 | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BATSI / inhibitor / Acinetobacter-derived cephalosporinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION / Chem-YDB![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum. Authors: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...Authors: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. / Introvigne, M.L. / Prati, F. / Caselli, E. / Bonomo, R.A. / Wallar, B.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 166.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 127.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fqmC ![]() 8fqnC ![]() 8fqoC ![]() 8fqpC ![]() 8fqqC ![]() 8fqrC ![]() 8fqtC ![]() 8fquC ![]() 8fqvC ![]() 8fqwC ![]() 4u0xS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40814.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-YDB / | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.2 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 14, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.21→59.09 Å / Num. obs: 75449 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 15.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.21→1.33 Å / Num. unique obs: 3772 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.383 / % possible all: 66.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4U0X Resolution: 1.21→31.21 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.21→31.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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