PDB-8fqt: Apo ADC-219 beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqt

タイトル

Apo ADC-219 beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acinetobacter-derived cephalosporinase

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Maurer, O.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqt.cif.gz	296.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqt.ent.gz	237.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqnC 8fqoC 8fqpC 8fqqC 8fqrC 8fqsC 8fquC 8fqvC 8fqwC 4u0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

81.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biological assembly
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.041, 83.567, 206.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40872.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→77.46 Å / Num. obs: 59691 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.89→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 608 / CC_1/2: 0.885 / R_pim(I) all: 0.303 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	v1.19	精密化
Coot		モデル構築
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U0X

4u0x

解像度: 1.89→40.95 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	1998	3.35 %
R_work	0.1964	-	-
obs	0.1979	59650	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→40.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5521	0	10	369	5900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5692
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	7735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.267	2105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	854
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.94	0.3457	143	0.259	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.99	0.27	142	0.2392	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.05	0.3281	144	0.2369	4132	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.11	0.2669	117	0.2271	3390	X-RAY DIFFRACTION	83
2.11-2.19	0.2553	142	0.2193	4089	X-RAY DIFFRACTION	98
2.19-2.28	0.2821	144	0.2184	4155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.38	0.2779	145	0.2298	4149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.51	0.294	143	0.2327	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.66	0.3093	144	0.231	4176	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.87	0.297	146	0.2285	4182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.87-3.16	0.2554	144	0.2086	4147	X-RAY DIFFRACTION	99
3.16-3.61	0.2329	146	0.1937	4228	X-RAY DIFFRACTION	99
3.61-4.55	0.172	144	0.1499	4130	X-RAY DIFFRACTION	97
4.55-40.95	0.1983	154	0.1638	4482	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4614	0.4932	-0.3966	2.0302	-0.2694	1.6063	-0.0355	-0.174	0.051	0.0765	-0.0541	-0.1316	0.0673	0.0291	0.0794	0.2308	0.0157	0.0232	0.1771	-0.0313	0.1587	-4.821	16.753	-41.939
2	2.738	-0.526	0.9073	2.3445	-0.5127	4.7377	-0.089	-0.3122	-0.0888	0.4127	-0.1052	0.3332	0.2127	-0.7015	0.2237	0.3752	-0.0249	0.113	0.338	-0.0151	0.3097	-18.974	2.064	-33.767
3	1.4284	-1.4041	0.517	2.5162	-0.4974	1.408	-0.1394	-0.2595	0.0813	0.3905	0.1681	0.0269	-0.0956	-0.1155	-0.0554	0.304	-0.0106	0.0452	0.2271	-0.0177	0.2074	-5.344	20.574	-33.961
4	0.4993	0.2335	-0.1364	2.2409	0.2581	1.2485	-0.0437	0.0049	-0.0644	-0.0775	-0.0078	0.0132	0.094	0.0367	0.052	0.2544	0.0131	0.0466	0.2193	0.0047	0.2522	-5.178	8.517	-49.664
5	1.4369	0.4702	-0.6074	2.4142	-1.4522	2.5535	-0.0672	0.2242	-0.2864	-0.1307	0.0593	0.0071	0.3708	-0.2562	0.0272	0.2299	-0.0493	0.0025	0.2746	-0.0167	0.2467	-19.948	-2.937	-80.101
6	4.0238	-0.3663	-0.9192	3.5871	0.1309	0.9397	0.1116	0.0637	0.3434	0.2545	0.0452	-0.136	-0.2411	0.0045	-0.149	0.2918	-0.0149	-0.0002	0.3139	0.0189	0.1861	-3.864	23.649	-89.444
7	0.5569	-0.0999	0.08	0.7566	-0.9195	2.9968	0.0521	0.084	0.1659	0.0778	0.0721	0.0186	-0.1432	-0.2787	-0.1045	0.278	-0.0014	0.0407	0.2982	0.0295	0.2587	-20.065	10.34	-77.617
8	3.1637	-0.1897	-1.113	1.547	0.0268	1.3125	-0.0557	0.4831	-0.0533	-0.1112	-0.024	-0.1465	0.1131	-0.0292	0.079	0.2447	-0.0305	0.0139	0.3693	-0.0122	0.1629	-9.673	5.126	-97.181
9	2.9605	-0.2561	-1.4585	3.0748	-0.8907	5.2583	0.0192	0.3257	-0.3242	-0.2155	0.1287	-0.0811	0.2632	0.0624	-0.1446	0.2406	-0.0099	0.0103	0.2476	-0.0255	0.2232	-13.479	-3.74	-87.115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 1:104 )	B	1 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 105:165 )	B	105 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 166:239 )	B	166 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 240:359 )	B	240 - 359
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 2:78 )	A	2 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 79:165 )	A	79 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 166:239 )	A	166 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 240:307 )	A	240 - 307
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 308:359 )	A	308 - 359

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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