PDB-8fqp: apo ADC-162 beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqp

タイトル

apo ADC-162 beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acinetobacter-derived Cephalosporinase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.419 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Fernando, M.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqp.cif.gz	302.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqp.ent.gz	243.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqnC 8fqoC 8fqqC 8fqrC 8fqsC 8fqtC 8fquC 8fqvC 8fqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biologic assembly
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.054, 83.633, 204.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40728.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: blaADC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4PPJ8
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ADC-162 (3.5 mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.419→77.401 Å / Num. obs: 109418 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.419→1.536 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5467 / CC_1/2: 0.648 / R_pim(I) all: 0.344 / % possible all: 50.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	V0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	v1.19.2	精密化
autoPROC	v1.0.5	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.419→38.7 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2185	5433	4.97 %	0.5
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.1876	109418	76.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.419→38.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5540	0	15	590	6145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	7858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.26	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.419-1.43	0.3985	18	0.283	246	X-RAY DIFFRACTION	6
1.43-1.44	0.2951	15	0.2927	331	X-RAY DIFFRACTION	7
1.44-1.46	0.2915	25	0.284	450	X-RAY DIFFRACTION	10
1.46-1.48	0.2788	38	0.2549	640	X-RAY DIFFRACTION	14
1.48-1.5	0.2773	63	0.2586	895	X-RAY DIFFRACTION	20
1.5-1.52	0.3114	92	0.26	1362	X-RAY DIFFRACTION	31
1.52-1.54	0.3061	107	0.2409	1877	X-RAY DIFFRACTION	42
1.54-1.56	0.2428	142	0.2397	2437	X-RAY DIFFRACTION	56
1.56-1.59	0.2706	164	0.2349	3064	X-RAY DIFFRACTION	68
1.59-1.61	0.2613	161	0.2334	3453	X-RAY DIFFRACTION	77
1.61-1.64	0.2542	173	0.2356	3805	X-RAY DIFFRACTION	83
1.64-1.67	0.2475	210	0.2283	4067	X-RAY DIFFRACTION	91
1.67-1.7	0.2577	218	0.2345	4381	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7-1.74	0.2748	229	0.2464	4456	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.78	0.3174	212	0.2241	4510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.239	248	0.2056	4498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2805	239	0.1999	4481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.2188	227	0.2031	4489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2231	235	0.1987	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.2183	233	0.1923	4494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.11	0.2116	238	0.1889	4466	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.19	0.2374	259	0.1864	4493	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.29	0.2098	228	0.1819	4529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.41	0.2407	222	0.1887	4577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.56	0.2243	238	0.1965	4528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.76	0.254	232	0.1985	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.04	0.2229	224	0.1944	4607	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-3.48	0.2167	243	0.1801	4566	X-RAY DIFFRACTION	99
3.48-4.38	0.1749	245	0.1447	4485	X-RAY DIFFRACTION	96
4.38-38.7	0.1668	255	0.1511	4687	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0029	0.307	-0.1948	1.6221	-0.0177	1.1595	-0.0397	-0.1087	-0.0448	0.0329	-0.0043	-0.1127	0.136	0.0341	0.0551	0.104	0.0235	-0.0107	0.0841	-0.0156	0.0835	-4.6535	16.3779	-41.579
2	2.3047	0.0797	0.2721	1.6096	0.9263	3.3892	-0.131	-0.3336	-0.0524	0.2416	-0.1649	0.2285	0.1123	-0.3644	0.2647	0.2428	-0.01	0.0345	0.1815	0.0086	0.149	-16.6825	3.0337	-31.4329
3	1.0687	-0.9787	0.1567	2.1532	-0.3	0.8998	-0.0209	-0.1466	-0.0618	0.1897	0.0286	0.0128	0.0373	0.0192	-0.0181	0.1475	-0.0034	-0.0075	0.1416	-0.0138	0.1261	-4.0417	17.6761	-35.4781
4	0.1816	0.4854	0.2646	2.8671	0.2832	0.3913	-0.0685	-0.0115	-0.0322	-0.0421	0.0441	-0.0087	0.0387	0.0046	0.0367	0.0975	0.0091	0.01	0.082	-0.0026	0.0861	-6.916	8.148	-51.0321
5	1.1274	-0.008	-0.2189	1.5243	-0.6611	1.488	0.0254	0.1695	-0.2071	-0.1448	0.0474	0.126	0.2441	-0.2211	-0.0502	0.121	-0.0255	-0.0292	0.1545	-0.0125	0.1385	-19.6754	-3.3492	-79.5716
6	2.9143	-0.5572	-0.1029	2.3521	0.1768	1.4821	0.067	0.2065	0.3929	0.2556	-0.0366	-0.1172	-0.3005	0.06	-0.0272	0.1737	-0.0067	0.0071	0.1422	0.0618	0.1593	-3.4087	22.8738	-88.3709
7	1.0741	-0.311	0.2021	1.1123	-0.9029	2.2783	0.0302	0.1835	0.0537	0.0458	0.0499	0.0915	-0.1484	-0.2364	-0.0695	0.0917	0.013	0.0147	0.167	0.0113	0.1043	-19.9307	10.0645	-81.0449
8	1.8362	0.56	-0.4592	1.3151	-1.0029	0.9314	-0.0288	0.4296	-0.1401	-0.2009	-0.0405	-0.1068	0.1415	0.073	0.0625	0.136	0.0348	0.003	0.2529	-0.046	0.1312	-6.3068	2.2636	-93.4908
9	1.7752	0.002	0.0861	2.2068	0.178	3.0535	0.0274	0.3637	-0.4618	-0.3341	0.0316	-0.0179	0.405	-0.0363	-0.0882	0.1903	-0.0114	-0.0177	0.1544	-0.0596	0.162	-13.3601	-6.8174	-85.9247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 105 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 106 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 177 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 257 through 401 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2 through 79 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 80 through 166 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 167 through 256 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 257 through 326 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 327 through 401 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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