PDB-8fqr: Apo ADC-212 beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqr

タイトル

Apo ADC-212 beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acinetobacter-derived cephalosporinase

機能・相同性

GLYCINE / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Beardsley, T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqr.cif.gz	168.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqr.ent.gz	130.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fqr_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fqr_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	8fqr_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	8fqr_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqnC 8fqoC 8fqpC 8fqqC 8fqsC 8fqtC 8fquC 8fqvC 8fqwC 4u0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biological assembly

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.388, 69.805, 55.124
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40814.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M SPG, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→49.98 Å / Num. obs: 83353 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.034 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 297334
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.455 / Num. measured all: 40509 / Num. unique obs: 11584 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.285 / R_rim(I) all: 0.539 / Χ²: 0.6 / Net I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	v1.19	精密化
Coot		モデル構築
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U0X

4u0x

解像度: 1.24→49.98 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.177	4203	5.04 %
R_work	0.1583	-	-
obs	0.1592	83325	87.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→49.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	10	360	3168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	4118
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.527	1146
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.26	0.2737	151	0.2588	2816	X-RAY DIFFRACTION	99
1.27-1.29	0.2548	147	0.2271	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.3	0.2308	136	0.2159	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.2112	154	0.2125	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.2332	165	0.2052	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.2393	172	0.2132	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.38	0.2365	75	0.2264	1350	X-RAY DIFFRACTION	45
1.38-1.4	0.2144	163	0.1927	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.2259	159	0.1911	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1943	175	0.1779	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.191	101	0.1752	2161	X-RAY DIFFRACTION	99
1.48-1.5	0.1873	132	0.171	2555	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5-1.53	0.2291	113	0.1689	1832	X-RAY DIFFRACTION	61
1.53-1.57	0.1491	164	0.1589	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.1689	161	0.1542	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1777	169	0.1563	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.1792	146	0.1543	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.1848	167	0.1561	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.1865	157	0.1591	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.183	173	0.1598	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.93	0.1847	77	0.1612	1387	X-RAY DIFFRACTION	46
1.93-2.02	0.1852	99	0.1539	2092	X-RAY DIFFRACTION	69
2.02-2.12	0.1588	118	0.1506	2255	X-RAY DIFFRACTION	74
2.12-2.22	0.1639	121	0.1471	2298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.202	153	0.1552	2896	X-RAY DIFFRACTION	98
2.43-2.64	0.1885	144	0.1631	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-3.06	0.1908	161	0.162	2905	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.86	0.1444	171	0.1475	2881	X-RAY DIFFRACTION	95
3.86-49.98	0.1517	131	0.1368	2963	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6852	0.0772	0.444	2.3462	-0.1123	1.9812	-0.0259	-0.0619	-0.087	0.127	0.0759	0.0765	0.1638	-0.1581	-0.0299	0.1331	-0.0035	-0.0041	0.0942	0.0218	0.1086	3.2478	-32.6537	18.2133
2	1.2083	0.0995	0.1921	1.8965	-0.8394	1.5724	-0.0354	0.1054	0.0603	-0.1605	-0.0098	-0.0906	-0.0017	0.139	0.0325	0.1085	0.0067	0.015	0.1086	-0.0077	0.1061	19.851	-4.1868	6.7485
3	0.9276	0.5796	-0.0092	2.1703	0.7315	1.1832	-0.0148	0.0947	-0.0779	-0.0293	0.0855	-0.1807	0.0449	0.0928	-0.0716	0.1256	0.0298	-0.0082	0.1338	0.001	0.1469	17.7293	-21.392	16.3817
4	1.4348	0.5061	0.0576	1.8191	-0.8475	1.9819	-0.0331	0.0068	0.1069	0.024	0.0863	0.4067	-0.2067	-0.2093	-0.0538	0.1554	0.0542	0.0056	0.1594	0.0259	0.216	0.4277	-5.3802	13.3947
5	1.6283	0.1533	0.356	2.8399	0.0287	1.2957	-0.0221	0.0109	0.1017	0.0488	0.0791	0.2214	-0.017	-0.2216	-0.0416	0.0858	0.0055	0.007	0.1127	0.0221	0.1104	0.7499	-20.418	16.1033
6	2.0001	-1.021	2.0001	2.0001	2	2.0001	2.5836	3.4084	5.1873	-0.8625	-1.2515	-0.4759	-3.3855	-0.1242	-1.3181	0.4321	0.2643	-0.0109	0.5542	0.0253	0.5904	8.8839	-8.1769	29.2695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 5 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 63 through 166 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 167 through 257 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 258 through 308 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 309 through 359 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 401 through 401 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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