PDB-8fqo: ADC-33 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqo

タイトル

ADC-33 in complex with boronic acid transition state inhibitor MB076

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BATSI / inhibitor / Acinetobacter-derived Cephalosporinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Fish, E.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqo.cif.gz	300.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqo.ent.gz	241.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fqo_validation.pdf.gz	997.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fqo_full_validation.pdf.gz	1002.3 KB	表示
XML形式データ	8fqo_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	8fqo_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqnC 8fqpC 8fqqC 8fqrC 8fqsC 8fqtC 8fquC 8fqvC 8fqwC 4u0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biologic assembly
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.857, 83.994, 200.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40814.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC, BAA1790NC_1053, EP550_05490, EP560_12590, EQH48_05445 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7Y407, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-YDB / 1-[(2R)-2-{2-[(5-amino-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamido}-2-boronoethyl]-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid 分子量: 373.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂BN₇O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ADC-33 (3.5 mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→100.475 Å / Num. obs: 41365 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.83→2.068 Å / R_merge(I) obs: 1.163 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2069 / CC_1/2: 0.479 / % possible all: 53.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.19	精密化
Aimless	v2.2.1	データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC	v1.0.5	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U0X

4u0x

解像度: 1.83→64.44 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2479	2083	5.04 %	0.5
R_work	0.2042	-	-	-
obs	0.2064	41351	63.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→64.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5544	0	53	448	6045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.563	7839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.161	2085
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	867
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.87	0.3182	12	0.2492	122	X-RAY DIFFRACTION	3
1.87-1.92	0.2007	5	0.2335	122	X-RAY DIFFRACTION	3
1.92-1.97	0.2954	18	0.2586	341	X-RAY DIFFRACTION	8
1.97-2.03	0.3602	30	0.2727	713	X-RAY DIFFRACTION	17
2.03-2.1	0.2628	65	0.2656	1222	X-RAY DIFFRACTION	30
2.1-2.17	0.3335	91	0.2637	1802	X-RAY DIFFRACTION	44
2.17-2.26	0.3197	139	0.2551	2600	X-RAY DIFFRACTION	63
2.26-2.36	0.3212	172	0.2595	3261	X-RAY DIFFRACTION	80
2.36-2.48	0.2846	204	0.2366	3999	X-RAY DIFFRACTION	97
2.48-2.64	0.2719	208	0.2311	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.84	0.267	227	0.231	4128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.13	0.2595	229	0.2176	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.58	0.2161	208	0.1861	4189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.51	0.218	248	0.1581	4144	X-RAY DIFFRACTION	99
4.51-64.44	0.2143	227	0.1818	4410	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5105	0.4787	-0.046	1.7941	0.351	1.1358	0.024	-0.3678	0.1839	0.2098	0.0002	0.0833	-0.1153	0.059	-0.0157	0.1271	0.0441	0.0094	0.1808	-0.0431	0.0908	-12.6699	-11.2996	64.6448
2	1.1576	0.1877	-0.249	2.0097	-0.2463	1.0225	-0.0169	-0.1484	0.1099	0.0138	0.0223	0.0472	-0.0183	-0.0086	0.0079	0.0676	0.0034	-0.0151	0.102	-0.0202	0.0609	-15.4243	-10.7215	55.4051
3	2.149	0.2977	-0.1641	2.672	-0.3636	3.4186	-0.0092	0.4016	0.4974	-0.3697	-0.0293	-0.2203	-0.7678	0.5543	-0.0172	0.3251	-0.0851	0.0295	0.2556	0.0857	0.3665	-1.9113	11.7369	20.6299
4	1.9475	0.2618	-0.0226	1.1196	0.8438	1.7325	0.0322	0.3086	-0.3709	0.1439	-0.0501	0.0604	0.3773	-0.0262	0.0208	0.1883	0.0215	-0.0013	0.141	-0.0003	0.1496	-11.7147	-17.2701	17.8199
5	0.8275	-0.3174	-0.409	1.071	0.656	1.5211	0.0575	0.1112	-0.0978	0.137	0.0262	-0.0764	0.1421	0.0483	-0.0601	0.1397	-0.0016	-0.0403	0.1689	0.0212	0.0697	-8.3682	-14.0859	21.0924
6	1.3449	-0.4862	0.6765	1.1326	1.0929	2.1955	0.2002	0.2588	-0.3272	0.5422	-0.1188	0.2713	0.9358	-0.2241	0.0128	0.2757	-0.0609	0.0208	0.1625	-0.042	0.1709	-11.1448	-12.3407	27.6563
7	1.3095	-0.521	0.0789	1.8651	0.8572	3.0939	0.1845	0.5122	0.0202	-0.3424	0.0339	-0.2309	0.0521	0.3671	-0.2371	0.1451	-0.029	0.0124	0.3951	0.0041	0.1277	2.4123	-6.7367	10.0455
8	0.3978	0.4368	-0.4677	1.2506	-0.1722	0.6972	-0.0088	0.8005	0.4517	-0.3801	-0.0312	0.2385	-0.1712	-0.2454	-0.1285	0.2522	0.0231	-0.022	0.5485	0.1697	0.2039	-17.1366	-2.6639	4.9191
9	1.0552	0.3814	-0.563	1.1721	0.1081	2.6043	0.1004	0.3399	0.7412	-0.2783	-0.0593	-0.096	-0.6229	0.1442	-0.1681	0.2405	-0.0226	0.0347	0.2209	0.2729	0.2637	-8.5695	4.5404	15.2746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 195 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 196 through 360 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 136 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 137 through 208 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 209 through 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 226 through 257 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 258 through 308 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 309 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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