PDB-8fqn: apo ADC-33 beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fqn

タイトル

apo ADC-33 beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Acinetobacter-derived Cephalosporinase / Beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.256 Å

データ登録者

Powers, R.A. / Wallar, B.J. / June, C.M. / Fish, E.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of a Novel Boronic Acid Transition State Inhibitor, MB076: A Heterocyclic Triazole Effectively Inhibits Acinetobacter -Derived Cephalosporinase Variants with an Expanded-Substrate Spectrum.
著者: Powers, R.A. / June, C.M. / Fernando, M.C. / Fish, E.R. / Maurer, O.L. / Baumann, R.M. / Beardsley, T.J. / Taracila, M.A. / Rudin, S.D. / Hujer, K.M. / Hujer, A.M. / Santi, N. / Villamil, V. ...

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fqn.cif.gz	312.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fqn.ent.gz	252.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fqn_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fqn_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	8fqn_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	8fqn_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/8fqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fqmC 8fqoC 8fqpC 8fqqC 8fqrC 8fqsC 8fqtC 8fquC 8fqvC 8fqwC 4u0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Beta-lactamase

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

82.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: monomeric biologic assembly
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.116, 83.551, 205.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40814.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ampC, BAA1790NC_1053, EP550_05490, EP560_12590, EQH48_05445 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7Y407, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ADC-33 (3.5 mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.256→77.403 Å / Num. obs: 145620 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.256→1.365 Å / R_merge(I) obs: 1.672 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7274 / CC_1/2: 0.336 / R_pim(I) all: 0.453 / % possible all: 55.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	v1.19.2	精密化
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U0X

4u0x

解像度: 1.256→35.67 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	7334	5.04 %
R_work	0.1743	-	-
obs	0.1758	145620	70.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.256→35.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5620	0	25	715	6360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5906
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	8043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.457	2201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	883
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.256-1.26	0.3463	15	0.3074	326	X-RAY DIFFRACTION	5
1.26-1.28	0.2797	36	0.3033	458	X-RAY DIFFRACTION	7
1.28-1.29	0.2967	28	0.2847	686	X-RAY DIFFRACTION	11
1.29-1.31	0.3008	56	0.2871	967	X-RAY DIFFRACTION	15
1.31-1.33	0.3113	62	0.2673	1177	X-RAY DIFFRACTION	18
1.33-1.34	0.3597	78	0.29	1388	X-RAY DIFFRACTION	21
1.34-1.36	0.2995	116	0.2621	1831	X-RAY DIFFRACTION	29
1.36-1.38	0.3177	126	0.2669	2463	X-RAY DIFFRACTION	38
1.38-1.41	0.2719	177	0.2581	3056	X-RAY DIFFRACTION	47
1.41-1.43	0.2713	182	0.2526	3614	X-RAY DIFFRACTION	55
1.43-1.45	0.274	219	0.2393	4048	X-RAY DIFFRACTION	63
1.45-1.48	0.2683	241	0.2367	4666	X-RAY DIFFRACTION	71
1.48-1.51	0.2646	275	0.2397	5309	X-RAY DIFFRACTION	82
1.51-1.54	0.2376	334	0.2324	5958	X-RAY DIFFRACTION	91
1.54-1.57	0.283	320	0.2405	6085	X-RAY DIFFRACTION	95
1.57-1.61	0.271	350	0.2381	6328	X-RAY DIFFRACTION	97
1.61-1.65	0.245	348	0.2142	6256	X-RAY DIFFRACTION	96
1.65-1.69	0.2165	290	0.1955	5951	X-RAY DIFFRACTION	91
1.69-1.74	0.2319	328	0.1943	6228	X-RAY DIFFRACTION	95
1.74-1.8	0.2198	308	0.1876	6361	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8-1.86	0.2138	329	0.1827	6403	X-RAY DIFFRACTION	98
1.86-1.94	0.2094	353	0.1818	6432	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-2.03	0.2037	364	0.1713	6425	X-RAY DIFFRACTION	98
2.03-2.13	0.2028	378	0.16	6454	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.27	0.2025	313	0.1504	6525	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.44	0.1881	343	0.1639	6495	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.69	0.1904	328	0.1699	6634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-3.08	0.2008	292	0.1759	6178	X-RAY DIFFRACTION	92
3.08-3.88	0.1879	367	0.1531	6600	X-RAY DIFFRACTION	98
3.88-35.67	0.1669	378	0.1389	6984	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.718	0.2948	-0.1291	1.3844	-0.2468	0.8161	-0.0286	-0.1183	-0.0565	0.0839	-0.0115	-0.0342	0.0611	-0.0324	0.0385	0.0808	0.0182	0.009	0.0881	-0.0083	0.0664	34.199	11.669	-36.908
2	0.4253	-0.8652	0.1538	1.933	-0.3837	0.1287	-0.0263	-0.2075	-0.1036	0.1489	0.101	0.1859	-0.0108	-0.0739	-0.1077	0.1426	0.0123	0.0208	0.1536	-0.0026	0.1009	29.017	24.765	-34.924
3	0.3591	0.3494	0.0154	1.6209	0.1378	0.6717	-0.0248	-0.0138	-0.0468	-0.0654	0.017	-0.0544	0.0193	0.0235	0.0124	0.0572	0.0077	0.0184	0.0608	-0.0003	0.0681	38.648	8.908	-48.319
4	1.3261	0.2027	-0.493	0.9804	-0.638	1.5338	0.015	0.2166	-0.0489	-0.0613	0.0384	0.0329	0.0974	-0.1933	-0.051	0.0817	-0.0073	-0.0156	0.1076	-0.0123	0.0418	26.209	5.142	-83.529
5	2.0985	0.3423	-0.9797	0.8303	-0.4924	1.6392	0.1486	0.028	0.2431	0.2179	-0.0189	-0.0192	-0.2607	-0.0126	-0.1132	0.1386	0.0103	-0.0005	0.1014	0.0039	0.0731	34.723	19.45	-85.374
6	0.2043	-0.0891	0.1533	0.7962	-1.244	3.0322	0.0112	0.0551	0.0609	0.1413	-0.0564	-0.0779	-0.2333	0.0866	0.0357	0.1466	-0.0197	-0.0003	0.1087	-0.0172	0.1021	29.655	8.274	-70.291
7	1.3845	0.1997	-0.051	0.8402	-0.2634	1.2379	0.0185	0.558	-0.0303	-0.1134	0.0199	0.0119	0.0537	-0.2753	-0.042	0.1013	-0.0007	-0.008	0.2388	-0.0143	0.0718	25.446	6.72	-94.478
8	2.3532	1.9697	0.3546	3.7063	0.144	2.0332	-0.1586	0.5084	-0.304	-0.1792	-0.0662	-0.303	0.2949	0.1362	0.1077	0.123	0.0316	0.0513	0.2544	-0.0715	0.1425	40.689	1.045	-96.288
9	1.6352	-0.0093	-0.1405	2.3008	-0.5194	3.207	-0.0202	0.2513	-0.3155	-0.149	-0.0092	-0.1159	0.3393	-0.038	-0.0351	0.1133	-0.0153	0.0078	0.1203	-0.0473	0.0841	30.005	-3.7	-86.336
10	4.5456	-4.926	-3.6137	9.1443	7.2427	5.8291	1.2414	-1.5528	1.4941	5.158	1.8273	-1.246	-1.8007	-5.6556	-3.0688	0.4607	-0.2564	0.0217	0.5699	-0.0891	0.5852	19.153	-15.686	-95.274
11	2.1386	1.9923	1.9832	1.9623	1.9866	2.0211	-0.4064	-2.205	-1.1598	2.5735	0.5281	-1.0183	-3.8497	7.1594	-0.1303	0.4115	-0.0673	-0.0846	0.5149	0.0282	0.4716	38.156	1.363	-87.822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 1:192 )	B	1 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 193:225 )	B	193 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 226:360 )	B	226 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 2:105 )	A	2 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 106:192 )	A	106 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 193:225 )	A	193 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 226:276 )	A	226 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 277:308 )	A	277 - 308
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 309:358 )	A	309 - 358
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 359:359 )	A	359
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 402:402 )	A	402

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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