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- PDB-8fnb: Crystal structure of the C-terminal Fg domain of human TNC with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fnb
タイトルCrystal structure of the C-terminal Fg domain of human TNC with the mutations Y2140H and S2164H
要素Tenascinテネイシン
キーワードSIGNALING PROTEIN / Extracellular matrix (細胞外マトリックス) / fibrinogen (フィブリノゲン)
機能・相同性
機能・相同性情報


perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / cellular response to prostaglandin D stimulus / syndecan binding / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D ...perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / cellular response to prostaglandin D stimulus / syndecan binding / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / neuromuscular junction development / odontogenesis of dentin-containing tooth / 基底膜 / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / response to mechanical stimulus / cellular response to retinoic acid / regulation of cell migration / morphogenesis of an epithelium / regulation of cell growth / Post-translational protein phosphorylation / response to wounding / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / integrin binding / regulation of inflammatory response / collagen-containing extracellular matrix / response to ethanol / 細胞接着 / 小胞体 / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン ...Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / EGF様ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bouyain, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143757 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Protein-protein interactions between tenascin-R and RPTP zeta /phosphacan are critical to maintain the architecture of perineuronal nets.
著者: Sinha, A. / Kawakami, J. / Cole, K.S. / Ladutska, A. / Nguyen, M.Y. / Zalmai, M.S. / Holder, B.L. / Broerman, V.M. / Matthews, R.T. / Bouyain, S.
履歴
登録2022年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tenascin
B: Tenascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0996
ポリマ－52,8272
非ポリマー2724
水7,800433
1
A: Tenascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5493
ポリマ－26,4131
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tenascin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5493
ポリマ－26,4131
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.045, 101.561, 56.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.353, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Tenascin / テネイシン / TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion ...TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion / JI / Myotendinous antigen / Neuronectin / Tenascin-C / TN-C


分子量: 26413.355 Da / 分子数: 2 / 断片: Fg domain (UNP residues 1975-2201) / 変異: Y2140H, S2164H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNC, HXB / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24821
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM lithium sulfate, 25% PEG1500, 50 mM Tris, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月2日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 46455 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 23.27 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 4286 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.104

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2J3F

2j3f


解像度: 1.8→34.83 Å / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.0513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1738 1915 4.3 %
Rwork0.1519 42647 -
obs0.1528 44562 94.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 12 433 3999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00853660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87184934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.09841298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.26781050.2032404X-RAY DIFFRACTION74.38
1.84-1.890.23781210.18462664X-RAY DIFFRACTION83.48
1.89-1.950.21881300.1792881X-RAY DIFFRACTION89.88
1.95-2.010.18111310.15593020X-RAY DIFFRACTION93.67
2.01-2.080.19451400.15863070X-RAY DIFFRACTION95.62
2.08-2.170.19591390.15663108X-RAY DIFFRACTION96.69
2.17-2.260.17511470.1563118X-RAY DIFFRACTION97.52
2.26-2.380.21341420.14673139X-RAY DIFFRACTION98.03
2.38-2.530.18781440.14863189X-RAY DIFFRACTION98.46
2.53-2.730.17131430.15213181X-RAY DIFFRACTION99.16
2.73-30.22161430.1683193X-RAY DIFFRACTION99.52
3-3.440.18561450.15013211X-RAY DIFFRACTION99.82
3.44-4.330.1351430.13083234X-RAY DIFFRACTION99.41
4.33-34.830.13741420.15293235X-RAY DIFFRACTION98.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29552707635-0.257661601110.01143282214091.39791907721-0.3520312194261.024631234430.007374825923060.04505574452350.161286872271-0.108700300986-0.01102168421050.116072654859-0.0597302308371-0.06286582655061.01610495925E-70.301679281410.0109883381379-0.02740855940870.2374718826160.007718839397680.242596316192-6.5621663332842.359787509848.5234646654
20.548589140647-0.224401543018-0.1161108023520.400665929142-0.2820797565040.3754921788110.06085772607750.02497385845440.0954156114111-0.167671024045-0.02254943552960.04805583587230.00980737763509-0.0368451993401-4.22268136861E-70.2630101734210.01896033515810.00145356628790.26913550075-0.003213305912680.274178071016-6.8673233531938.487799033756.7230157383
32.562049464430.3577985632930.1821367640381.64575906844-0.2383252433280.9008191330250.0317228540528-0.07951345473570.05595614410320.0276486575366-0.0353653620547-0.08633022877250.03514833568310.104049239722-1.10561159056E-70.2280239850030.02248309405940.01213532712560.245750766107-0.008231386475390.1764810380532.341889580330.904661862161.2133817088
40.7564900773250.400236656796-0.1359602244681.03494287691-0.3299812082661.42332301221-0.01010955558760.0684001859377-0.0825661345321-0.20131703069-0.07711219957940.07085910609490.06506381578920.0494105117484-4.26681421632E-80.270185958883-0.000425239178201-0.008165281066890.234808825929-0.01615870190190.195239173225-3.2236015698525.806752022353.7770040614
50.515053276828-0.504329369133-0.2103401547270.6038887280830.1419223720220.755878514133-0.0516733199445-0.150777051608-0.124905516090.21274122211-0.0277362940438-0.08957601319790.2486882067280.0514756834218-3.91231113143E-70.3176676634240.0273520736532-0.02706592562740.285670538150.03302975462530.37549362841313.81340405439.503908957633.1196386263
61.38468308488-0.293183993097-0.4347427536471.06393840461-0.02998822962231.026632080490.1014376087790.1198889861810.0325750177966-0.05243078124790.00128990889664-0.1834018880450.01518491209070.12758088476-1.54667426169E-70.2251905994020.009559420028770.01970380342780.2205299279150.01744508666150.27707611024310.343798592752.352754936921.3408173438
70.785760968166-0.8449435673110.3107280008351.05684224687-0.07068258278021.744267535890.0210759552511-0.04137368566460.000211297909630.137609709526-0.0126014648497-0.0006061315192190.1371493339550.00248555335097-3.51562759631E-70.2353424472120.0019918340460.005674686197130.2556722577010.02072593945890.2372598858243.4877135027553.041435243530.6152372278
81.3775570918-0.4430822394570.5530891167091.17403380346-0.1204949207670.9167702088370.05383536649640.07449993731440.0293296186248-0.169653015997-0.02299033274070.1367177253740.0142865905148-0.1875196210774.88074665572E-80.223927490577-0.002583160732490.01355952238520.264397391370.02650208183420.213709493864-5.225771718958.533612064421.8184647408
91.402805105750.0754588130754-0.3309743603531.08530798840.5550267225420.8328297207070.03858558934850.08647652714450.020025081952-0.0447451265972-0.0689938630478-0.215814235227-0.09603374712890.0291673949027-1.50204600894E-80.198835068792-0.007140693128880.03194972749890.2411794223230.006606603315210.2558260321825.751213064463.038521586525.9231490927
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1976 through 2057 )AA1976 - 20571 - 82
22chain 'A' and (resid 2058 through 2078 )AA2058 - 207883 - 103
33chain 'A' and (resid 2079 through 2150 )AA2079 - 2150104 - 175
44chain 'A' and (resid 2151 through 2194 )AA2151 - 2194176 - 219
55chain 'B' and (resid 1976 through 2014 )BC1976 - 20141 - 39
66chain 'B' and (resid 2015 through 2057 )BC2015 - 205740 - 82
77chain 'B' and (resid 2058 through 2097 )BC2058 - 209783 - 122
88chain 'B' and (resid 2098 through 2150 )BC2098 - 2150123 - 175
99chain 'B' and (resid 2151 through 2194 )BC2151 - 2194176 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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