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- PDB-8fn9: Crystal structure of the C-terminal Fg domain of TNR with the sin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fn9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the C-terminal Fg domain of TNR with the single FN domain of PTPRZ | ||||||
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Function / homology | ![]() axon extension involved in regeneration / negative regulation of axon extension involved in regeneration / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bouyain, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Protein-protein interactions between tenascin-R and RPTP zeta /phosphacan are critical to maintain the architecture of perineuronal nets. Authors: Sinha, A. / Kawakami, J. / Cole, K.S. / Ladutska, A. / Nguyen, M.Y. / Zalmai, M.S. / Holder, B.L. / Broerman, V.M. / Matthews, R.T. / Bouyain, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 605.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 443.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fn8C ![]() 8fnaC ![]() 8fnbC ![]() 1fnaS ![]() 2j3fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 27223.234 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Fg domain (UNP residues 1129-1358) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11918.245 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 310-411 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.31 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20% w/v PEG2000 MME, 200 mM potassium thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 102222 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.57 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10193 / CC1/2: 0.486 / Rpim(I) all: 0.517 / % possible all: 91.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entries 2J3F & 1FNA Resolution: 1.8→42.96 Å / SU ML: 0.2088 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 23.0225 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→42.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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